富士康旷工两天并不直接决定员工是否在职，员工是否在职主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下是对此问题的详细分析：
一、公司规章制度的影响
旷工与自动离职的规定：
- 富士康作为用人单位，有权制定内部规章制度，包括关于旷工和自动离职的具体规定。这些规定通常会在员工手册或劳动合同中明确说明。
- 一般情况下，连续旷工达到一定天数（如3天）或累计旷工达到一定天数，可能被视为自动离职。但具体天数可能因厂区、部门或时期的不同而有所差异。
旷工两天的处理：
- 如果富士康的规章制度中明确规定旷工两天即视为自动离职，那么员工在旷工两天后可能面临被视为自动离职的风险。
- 然而，如果规章制度中未明确规定旷工两天为自动离职，或者规定更为宽松（如需要连续旷工三天或更多天数才视为自动离职），则旷工两天不会直接导致员工在职状态的改变。
二、劳动合同中的约定
劳动合同的内容：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。其中可能包含关于旷工、自动离职以及相应后果的条款。
劳动合同的约束力：
- 如果劳动合同中明确规定了旷工两天即视为自动离职或解除劳动合同，那么这一约定对双方均具有约束力。
- 但如果劳动合同中未对此进行明确约定，或者约定与公司的规章制度存在冲突，则需要根据具体情况进行判断和协商。
三、法律建议与操作指南
查阅规章制度与劳动合同：
- 员工在面临旷工问题时，应首先查阅公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于旷工和自动离职的具体规定。
与公司沟通协商：
- 如果员工对规章制度或劳动合同中的规定存在疑问或不满，可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，寻求解决方案。
遵守劳动纪律：
- 无论公司的规章制度和劳动合同如何规定，员工都应遵守劳动纪律和用人单位的规章制度，按时出勤，以避免不必要的麻烦和法律后果。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司的处理方式存在不合理或不合法之处，可以寻求法律援助或向当地劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等法律途径来维护自身合法权益。
总结与建议：富士康旷工两天是否算在职，主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。员工在面临此类问题时，应首先查阅相关规章制度和劳动合同，了解自己的权益和义务。如有疑问或不满，可以与公司进行沟通协商或寻求法律援助。同时，员工也应遵守劳动纪律和用人单位的规章制度，以维护良好的劳动关系。