关于您提出的“父母的宅基地和兄弟签了协议书，儿子在老宅基地旁边建房，协议是否可以作废”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、协议作废的法律依据与情形
协议内容违法：
- 如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，比如宅基地的转让未经集体经济组织同意，或者子女并非本集体经济组织成员却通过协议获得了宅基地使用权，这样的协议通常是无效的，可以视为“作废”。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》及相关宅基地管理规定，宅基地的转让、使用等需遵循法定条件和程序。
协议存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果协议是在欺诈、胁迫等不正当手段下签订的，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议，即协议可以作废。
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》中关于合同撤销的规定。
协议未履行或无法履行：
- 如果协议签订后，由于客观原因（如政策变化、规划调整等）导致协议无法履行，或者双方协商一致同意解除协议，那么协议也可以视为作废。
二、协议作废的实践考量
集体经济组织的意见：
- 宅基地的使用和分配通常受到集体经济组织的管理和决策。如果协议涉及宅基地的转让或使用，未经集体经济组织同意，可能会面临作废的风险。
- 实践建议：在签订协议前，应确保获得集体经济组织的同意，并遵循相关宅基地管理规定。
双方的身份与关系：
- 如果子女与父母同属同一集体经济组织成员，且协议内容合法合规，那么协议通常是有效的。但如果子女并非本集体经济组织成员，或者协议内容存在违法违规情形，协议可能会被作废。
- 实践建议：在签订协议前，应明确双方的身份和关系，并确保协议内容符合法律法规和政策要求。
协议的实际履行情况：
- 如果协议已经实际履行，且双方均无异议，那么协议通常不会被轻易作废。但如果协议未履行或履行过程中存在争议，可能会面临作废的风险。
- 实践建议：在协议履行过程中，应保留相关证据（如付款凭证、建房记录等），以备不时之需。
三、建议与措施
审查协议内容：
- 首先，应仔细审查协议内容，确保其不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。
咨询集体经济组织：
- 在签订协议前，建议咨询集体经济组织的意见，确保协议得到组织层面的认可。
保留相关证据：
- 在协议履行过程中，应妥善保留相关证据，以备不时之需。特别是涉及宅基地转让、使用等重要环节的证据，更应妥善保管。
寻求法律帮助：
- 如果对协议的效力或履行存在争议，建议及时寻求法律帮助，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
总结来看，协议是否可以作废并非一个简单的问题，而是需要根据具体情况来综合判断。如果您对协议的效力或履行存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。