结论：夫妻在婚姻存续期间协议在一方宅基地上建房归一方儿女所有，这一行为在法律上涉及多个层面，包括宅基地使用权、房屋所有权以及协议的效力等，需要分情况讨论。

1. 宅基地使用权与房屋所有权的关系

   • 宅基地使用权是农村村民对集体所有的土地享有的占有和使用的权利，它主要用于建造住宅及其附属设施。宅基地使用权通常与农村村民的身份紧密相连，具有无偿性、福利性和限制转让性等特点。
   • 房屋所有权则是指房屋所有人依法对自己的房屋享有的占有、使用、收益和处分的权利。在宅基地上建造的房屋，其所有权通常归属于宅基地使用权人，但也可以依法通过买卖、赠与等方式进行转移。

2. 协议效力的分析

   • 协议内容合法性：如果夫妻双方协议在一方宅基地上建房，并约定该房屋归一方儿女所有，这一协议在内容上并不违反法律的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，因此从内容上看是合法的。
   • 协议形式要求：为了确保协议的效力，建议夫妻双方采用书面形式签订协议，并明确约定房屋的所有权归属、建造费用承担、未来可能出现的纠纷解决方式等条款。同时，如果可能的话，可以邀请第三方见证或进行公证，以增强协议的证明力。
   • 宅基地使用权人的同意：由于宅基地使用权通常归属于一方（如丈夫或妻子），因此，在协议中涉及宅基地使用权时，必须得到宅基地使用权人的明确同意。如果未经宅基地使用权人同意，另一方擅自处分宅基地上的房屋，可能会引发纠纷。

3. 可能面临的法律风险

   • 宅基地使用权转让的限制：根据相关法律规定，宅基地使用权不得单独转让，必须与房屋一并转让。因此，如果夫妻双方仅协议房屋归一方儿女所有，而未涉及宅基地使用权的转让，可能会面临法律上的障碍。
   • 未来拆迁或征收的风险：如果未来宅基地或房屋面临拆迁或征收，那么房屋的所有权归属将直接影响到补偿款的分配。因此，在协议中应明确约定在拆迁或征收情况下房屋所有权的归属及补偿款的分配方式。
   • 协议履行过程中的纠纷：在协议履行过程中，可能会因为各种原因（如建造费用超支、房屋质量不符合约定等）引发纠纷。因此，在协议中应明确约定纠纷的解决方式（如协商、调解、仲裁或诉讼等）。

4. 建议与措施

   • 明确协议内容：在签订协议时，应明确约定房屋的所有权归属、建造费用承担、未来可能出现的纠纷解决方式等条款，以确保协议的明确性和可执行性。
   • 办理相关手续：如果可能的话，可以办理房屋所有权登记手续，将房屋所有权正式转移至一方儿女名下。同时，也可以考虑办理宅基地使用权变更登记手续（如果法律允许的话），以进一步明确宅基地使用权的归属。
   • 寻求法律帮助：在签订协议或办理相关手续过程中，如果遇到任何法律问题或困惑，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。

总结：夫妻在婚姻存续期间协议在一方宅基地上建房归一方儿女所有，这一行为在法律上需要谨慎处理。为了确保协议的效力和避免未来可能出现的纠纷，建议夫妻双方明确协议内容、办理相关手续，并在必要时寻求法律帮助。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。