针对您提出的“必须公开招标的项目发包人未招标直签合同的，承包方如何设置条款”这一问题，我将结合相关法律法规及实际操作经验，为您提供详细且具有深度的解答。
一、法律背景与合同效力
首先，必须明确的是，根据《招标投标法》及其实施条例，以及《必须招标的工程项目规定》（发改委〔2018〕第16号令），大型基础设施、公用事业等关系社会公共利益和公众安全的项目，以及使用国有资金或国际贷款援助的项目，若达到一定规模标准，必须进行公开招标。若项目应招标而未招标，直接签订的合同可能被视为无效合同。
二、承包方条款设置建议
在面对必须招标而未招标直接签订合同的情况下，承包方在设置合同条款时，应着重考虑以下几个方面：
合同效力声明条款：
- 在合同中明确声明，双方均知晓该项目属于必须招标的范围，但因特殊原因（需具体说明，如紧急情况、政府特批等，但需注意这些理由需合法且能被法院或仲裁机构认可）未进行招标，双方自愿签订本合同，并承担由此可能带来的法律风险。
- 强调若因未招标导致合同无效，双方应如何协商处理后续事宜，如工程价款结算、已完工程量的确认等。
工程价款结算条款：
- 明确约定在合同无效但建设工程竣工验收合格的情况下，承包人可请求参照合同约定支付工程价款。这可以依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定进行设置。
- 若竣工验收不合格，需约定修复责任及费用承担方式，以及修复后仍不合格时的价款支付或损失赔偿方式。
工程质量与验收条款：
- 详细规定工程质量标准、验收程序及验收不合格的处理方式。
- 强调承包方对工程质量的保证责任，以及因质量问题给发包方造成损失时的赔偿责任。
争议解决条款：
- 明确约定双方因合同履行发生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。
- 若选择仲裁，需明确仲裁机构及仲裁规则；若选择诉讼，需明确管辖法院。
风险分担条款：
- 鉴于未招标可能带来的法律风险，双方应合理分担风险。例如，可以约定因政策变化、法律修订等不可抗力因素导致合同无法履行时的责任承担方式。
- 强调双方应积极配合，共同应对可能出现的法律风险，减少损失。
三、实际操作建议
- 咨询专业律师：在签订此类合同前，承包方应咨询专业律师，确保合同条款的合法性和有效性。
- 保留相关证据：承包方应保留与合同签订、履行相关的所有证据，如会议纪要、往来函件、支付凭证等，以备不时之需。
- 关注政策变化：承包方应密切关注相关政策法规的变化，及时调整合同条款和履行方式，以降低法律风险。
综上所述，承包方在面对必须招标而未招标直接签订合同的情况时，应谨慎设置合同条款，确保合同的合法性和有效性，并充分考虑可能出现的法律风险及应对措施。