针对您提出的“医保检查医院被扣费继而扣员工的钱是否合法”这一问题，我们需要从多个角度进行详细分析。

首先，要明确的是，医保基金的使用和管理是受到严格法律监管的。根据《医疗保障基金使用监督管理条例》等相关法律法规，医保基金必须专款专用，任何单位和个人都不得侵占或挪用。医院作为医保服务的提供方，有责任按照规定的诊疗规范和服务项目为患者提供服务，并合理收取费用。

接下来，我们分析医院被扣费的情况。从您提供的参考信息中，我们可以看到多家医院因存在过度诊疗、重复收费、将不属于医疗保障基金支付范围的医药费用纳入医疗保障基金结算等违法违规行为，而被医保部门责令退回违法违规使用的医保基金，并处以罚款。这些行为都是违反了医保基金使用规定的，因此医院被扣费是合法的行政处罚措施。

然后，我们来看扣员工钱的问题。一般情况下，医院因违法违规使用医保基金而被扣费，并不直接导致扣员工的钱。员工的工资和福利是医院与员工之间的劳动合同关系，与医院是否被医保部门扣费无直接关联。除非员工的违法行为（如参与骗取医保基金）直接导致了医院的损失，并且根据劳动合同或医院规章制度，员工需要承担相应的赔偿责任，否则医院无权随意扣减员工的工资。

如果医院确实存在因员工违法行为而导致被扣费的情况，并且医院打算依据相关规定对员工进行处罚，那么医院必须确保处罚的合法性和合理性。这包括：处罚必须有明确的法律依据或合同约定；处罚的幅度必须与员工的违法行为和造成的损失相适应；处罚过程必须遵循正当的程序，如告知员工处罚的理由和依据、听取员工的陈述和申辩等。

综上所述，医保检查医院被扣费是合法的行政处罚措施，但扣员工钱则必须基于合法的依据和合理的程序。如果医院未经合法程序随意扣减员工工资，员工有权通过法律途径维护自己的合法权益。因此，在一般情况下，医院被扣费并不直接导致扣员工的钱，除非存在特定的违法情形和合法的处罚依据。