结论：单位在存休补完后扣年假的做法是否合理，需根据具体情况判断，但一般情况下，这种做法并不合理，因为补休和年假是两种不同的休息制度，不应相互替代。
一、补休与年假的性质及法律规定
补休：
- 补休通常指的是因工作需要，员工在休息日或法定节假日加班后，单位安排的其他休息日以补偿之前的加班时间。
- 根据《劳动法》的相关规定，员工在休息日加班的，单位应安排补休或支付加班费。
年假：
- 年假是员工根据工作年限和单位规定享有的带薪休假权利。
- 《劳动法》和《职工带薪年休假条例》明确规定了员工享有年假的权利，以及年假的天数和计算方式。
二、单位扣年假的合理性分析
一般情况下的不合理性：
- 补休和年假是两种不同的休息制度，它们的目的和性质各不相同。补休是为了补偿员工因加班而失去的休息时间，而年假则是员工根据工作年限享有的带薪休假权利。
- 因此，单位在员工存休补完后扣年假，实际上是将两种不同的休息制度混为一谈，这种做法在一般情况下是不合理的。
可能的例外情况：
- 如果单位与员工在劳动合同或规章制度中明确约定了存休补完后可以扣年假的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法可能是合理的。
- 但需要注意的是，这种约定必须是在双方平等自愿的基础上达成的，且不得损害员工的合法权益。
三、法律建议
对于员工：
- 如果单位在存休补完后扣了你的年假，你可以先与单位进行沟通协商，了解扣年假的具体原因和依据。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于单位：
- 单位应严格遵守相关法律法规的规定，合理安排员工的休息时间。
- 如果需要调整员工的休息时间或休假制度，应与员工进行充分沟通并达成一致意见，避免引发劳动争议。
举例说明：假设某员工在单位工作期间，因工作需要经常在休息日加班，单位安排了补休。但在补休完后，单位却以存休已补完为由扣除了该员工的年假。这种情况下，员工可以依据相关法律法规向单位提出异议，并要求单位恢复其年假权利或给予相应的经济补偿。
后续行动建议：如果你或你身边的人遇到了类似的问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和解决方案。