双方合作的内容超出合同约定的部分能否仲裁，取决于超出部分与原合同的关联性以及仲裁协议的约定。以下是对此问题的详细分析：
若超出部分与原合同关联紧密：
- 当超出合同约定的部分是原合同履行的自然延伸或变更，且原合同中的仲裁协议明确涵盖了与合同有关的一切争议时，超出部分可以一并仲裁。例如，在建设工程合同中，如果超出工程范围的部分是原设计或施工方案的合理调整，且双方在原合同中已约定了仲裁条款，那么这部分超出内容就可以通过仲裁解决。
若超出部分与原合同相互独立：
- 如果超出合同约定的部分与原合同在权利义务上相互独立，且原仲裁协议未明确涵盖这部分争议，那么超出部分通常不能一起仲裁。在这种情况下，当事人需要另行确定纠纷解决方式，如通过诉讼或另行签订仲裁协议来解决。例如，双方原合同约定的是某项服务的提供，但后来一方又提出了完全不同的另一项服务需求，且这两项服务在性质、目的和履行方式上均无关联，那么超出部分的服务争议就不能通过原合同的仲裁协议来解决。
仲裁庭的综合考量：
- 在实践中，仲裁庭会综合考量具体情况来决定是否受理超出部分的仲裁申请。这包括但不限于超出部分与原合同的关联性、仲裁协议的约定、双方当事人的意愿以及争议的性质和复杂程度等因素。因此，即使超出部分与原合同有一定关联，但如果仲裁庭认为这种关联不足以使超出部分纳入原仲裁协议的范畴，或者双方当事人对超出部分的仲裁存在分歧，仲裁庭也可能拒绝受理超出部分的仲裁申请。
法律建议：
- 在签订合同时，建议双方明确约定仲裁协议的范围和效力，包括是否涵盖超出合同约定的部分。这样可以在争议发生时，为双方提供明确的纠纷解决途径。
- 如果合作过程中出现了超出合同约定的部分，且双方对此有争议，建议及时协商并签订补充协议，明确这部分内容的纠纷解决方式。
- 在仲裁过程中，如果一方认为超出部分不应纳入仲裁范围，应及时向仲裁庭提出异议，并提供相关证据支持自己的观点。
可能的法律后果：
- 如果超出部分被错误地纳入仲裁范围，且仲裁庭作出了不利于一方的裁决，那么该方可能会面临不必要的法律风险和经济损失。
- 反之，如果超出部分本应纳入仲裁范围但被错误地排除在外，那么双方可能会因此陷入长期的诉讼或协商过程中，增加纠纷解决的成本和时间。
因此，在处理双方合作内容超出合同约定部分的仲裁问题时，应谨慎分析具体情况，并依据相关法律法规和仲裁协议的约定来作出合理判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。