将土方工程分包给土方单位，并由土方单位与运输单位签订运输协议且代付费用，这一行为在符合法定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、土方工程分包的合法性
资质要求：
- 土方工程分包必须确保分包方（即土方单位）具备相应的施工资质。这是分包行为合法性的基础，也是保证工程质量的重要前提。
发包方同意：
- 除总承包合同中约定的分包外，土方工程的分包必须经发包方（即建设单位）的认可。这是为了保护发包方的利益，确保分包行为不会损害其权益。
禁止二次分包：
- 分包单位不得再将其承包的工程分包出去，即禁止二次分包。这是为了防止工程被层层分包，导致管理混乱和工程质量下降。
二、运输协议及代付费用的合法性
运输协议的签订：
- 土方单位与运输单位签订运输协议，是双方自愿、平等、公平、诚实信用的基础上进行的民事法律行为。只要协议内容合法、合规，且双方具备相应的民事行为能力，该协议即具有法律效力。
代付费用的合法性：
- 土方单位代付运输费用，可以视为一种委托支付行为。只要这种支付行为是基于双方的约定，且不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。同时，土方单位在代付费用后，有权根据与运输单位的协议，向运输单位追偿相关费用。
三、可能存在的法律风险及防范措施
法律风险：
- 如果土方单位不具备相应的资质，或者未经发包方同意擅自分包，或者存在二次分包的情况，那么这种分包行为就是违法的。此外，如果运输协议的内容存在违法、违规条款，或者代付费用行为违反了相关法律法规的强制性规定，也可能引发法律风险。
防范措施：
- 在进行土方工程分包前，应仔细审查分包方的资质和信誉，确保其具备相应的施工能力和经验。
- 在分包前，应取得发包方的明确同意，并签订书面分包合同，明确双方的权利和义务。
- 避免进行二次分包，确保工程的直接管理和控制。
- 在签订运输协议时，应仔细审查协议内容，确保其合法、合规，并明确双方的权利和义务。
- 在代付费用时，应保留好相关凭证和记录，以便在需要时进行追偿或证明。
总结来看，将土方工程分包给土方单位，并由土方单位与运输单位签订运输协议且代付费用，在符合上述法定条件下是合法的。但为了避免法律风险，建议在进行相关操作时严格遵守法律法规和合同约定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。