结论前置：工程合同中总包方与分包方约定代付工资要扣除分包方双倍的行为，很可能违法，具体分析如下：

一、从合同效力角度分析

1. 合同自由原则的限制：虽然合同双方在订立合同时享有较大的自由，但这种自由并非绝对，必须受到法律、行政法规的强制性规定的限制。如果合同中的条款违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该条款将被认定为无效。在工程合同中，总包方与分包方约定代付工资要扣除分包方双倍，这一条款很可能因违反劳动法律法规中关于工资支付的规定而被认定为无效。
2. 显失公平原则：根据《民法典》的相关规定，民事法律行为应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。如果合同中的条款明显显失公平，例如一方承担过多的义务而享受过少的权利，或者另一方享受过多的权利而承担过少的义务，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该条款。在工程合同中，总包方扣除分包方双倍工资的行为，很可能构成显失公平，从而面临被变更或撤销的风险。

二、从劳动法律法规角度分析

1. 工资支付规定：根据《劳动法》、《劳动合同法》等劳动法律法规的规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。任何单位或者个人不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。在工程合同中，总包方作为用人单位（或实际支付工资的主体），应当按照约定向劳动者支付工资，而不得擅自扣除分包方双倍工资。
2. 违法后果：如果总包方违反劳动法律法规的规定，擅自扣除分包方双倍工资，那么将可能面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期支付劳动报酬、加付赔偿金等。同时，劳动者也有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求总包方支付被扣除的工资及相应的经济补偿。

三、实际操作建议

1. 审查合同条款：对于总包方和分包方而言，在订立工程合同时，应当仔细审查合同条款，确保合同内容合法合规，特别是关于工资支付的条款。如果发现合同中存在违法或显失公平的条款，应当及时提出异议并协商修改。
2. 遵守法律法规：在履行合同过程中，双方应当严格遵守劳动法律法规的规定，按时足额支付劳动者工资，不得擅自扣除或拖欠。如果因特殊原因需要扣除工资，应当事先与劳动者协商一致，并按照法律法规的规定进行操作。
3. 寻求法律帮助：如果双方在合同履行过程中发生争议或纠纷，特别是关于工资支付的争议，建议及时寻求法律帮助。可以咨询专业律师或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自身合法权益。

最后，工程合同中总包方与分包方约定代付工资要扣除分包方双倍的行为很可能违法。双方在订立和履行合同时应当严格遵守法律法规的规定，确保合同内容合法合规，并按时足额支付劳动者工资。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。