总包代分包付款给供应商是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若总包、分包与供应商之间存在合法有效的三方协议：
- 在这种情况下，如果三方协议明确约定了总包可以代分包向供应商支付款项，并且这种支付方式不违反法律法规的强制性规定，也不损害任何一方的合法权益，那么这种支付行为就是合法的。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人之间可以依法订立合同，约定相互之间的权利和义务。只要合同内容合法、真实、有效，且不违反法律法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。
若总包、分包与供应商之间不存在三方协议，或协议内容违法：
- 在没有合法有效的三方协议的情况下，总包代分包向供应商支付款项可能构成无权代理或表见代理，具体取决于供应商是否知道或应当知道总包没有代理权。
- 如果供应商不知道总包没有代理权，且总包的行为足以使供应商相信其有代理权（如表见代理），那么供应商有权要求总包承担付款责任。但这种情况下，总包在承担付款责任后，有权向分包追偿。
- 如果供应商知道或应当知道总包没有代理权，那么总包的行为可能构成无权代理，供应商无权要求总包承担付款责任。此时，供应商应当向分包主张权利。
- 特别提醒：如果总包代分包付款的行为违反了法律法规的强制性规定（如涉及逃税、洗钱等违法行为），那么这种行为不仅违法，还可能构成犯罪，需要承担相应的法律责任。
实际操作中的建议：
- 为了避免法律纠纷和风险，建议总包、分包和供应商在签订合同时，明确约定付款方式、付款主体等关键条款。
- 如果确实需要总包代分包付款，应当签订合法有效的三方协议，并确保协议内容不违反法律法规的强制性规定。
- 在实际操作过程中，总包应当保留好相关证据（如付款凭证、三方协议等），以备不时之需。
总结来说，总包代分包付款给供应商是否违法，取决于是否存在合法有效的三方协议以及协议内容是否合法。在实际操作中，建议各方当事人签订合法有效的合同，并明确约定相关条款，以避免法律纠纷和风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。