离职时，用人单位扣除因没活时休息的工时是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或规章制度中有明确约定：

   • 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了，在因工作原因导致员工无活可做时，员工需进行休息且不计发工资，或者通过调休、补班等方式平衡工时，那么用人单位扣除相应工时可能是合法的。但前提是这些规定必须符合法律法规，且已向员工明确告知并获得了员工的同意。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，该法第三条也强调了订立劳动合同应当遵循合法、公平、平等自愿的原则。因此，任何规章制度或劳动合同条款都必须合法，且不得损害劳动者的合法权益。

2. 若劳动合同或规章制度中无明确约定，或约定违法：

   • 如果劳动合同或用人单位的规章制度中没有相关规定，或者相关规定违反了法律法规（如无故克扣工资、违反最低工资标准等），那么用人单位扣除因没活时休息的工时就是不合法的。
   • 劳动者权益：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，除非有合法依据，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资或工时。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果因不可抗力（如自然灾害、疫情等）或用人单位经营困难导致员工无活可做，双方可以协商调整工资、工时或安排休假等。在这种情况下，扣除工时是否合法取决于双方的协商结果和是否符合相关法律法规。
   • 协商原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。因此，在特殊情况下，双方应通过协商来解决问题，并确保协商结果合法合规。

建议与行动：

• 如果您遇到离职时被扣除因没活时休息的工时的情况，首先应查看劳动合同和用人单位的规章制度中是否有相关规定。
• 如果发现相关规定违法或不合理，您可以与用人单位进行协商，要求其补发工资或调整工时。
• 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结：离职时用人单位扣除因没活时休息的工时是否合法，取决于劳动合同、规章制度中的约定以及是否符合相关法律法规。在遇到此类问题时，建议您先了解自己的权益和用人单位的规定，然后通过协商或法律途径来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。