结论前置：针对招标代理费已支付但未收到发票和中标通知书的问题，可采取以下措施：

1. 要求招标代理机构履行合同义务
   根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。

   • 操作建议：
     （1）书面催告招标代理机构限期提供发票和中标通知书，明确违约责任（如逾期每日按合同金额的0.1%支付违约金）；
     （2）保留支付凭证、合同、催告函等证据，证明已履行付款义务而对方未履约。

2. 向行政主管部门投诉
   若招标代理机构存在违规行为（如未按规定出具发票、扣留中标通知书），可向当地财政部门（针对政府采购项目）或建设行政主管部门（针对工程建设项目）投诉。

   • 操作建议：
     （1）提交投诉材料，包括合同、付款记录、沟通记录等；
     （2）依据《政府采购法》第七十一条或《招标投标法实施条例》第七十八条，要求主管部门责令改正并处罚。

3. 通过法律途径解决
   若协商和投诉无果，可向法院提起民事诉讼，要求招标代理机构：

   • 继续履行合同（出具发票和中标通知书）；
     
   • 赔偿因违约造成的损失（如延误项目进度导致的违约金、额外支出等）。
     
   • 操作建议：
     （1）准备起诉状、证据清单（合同、付款凭证、催告函、沟通记录等）；
     （2）向被告所在地或合同履行地法院起诉，注意诉讼时效为3年。

4. 税务合规风险提示
   根据《发票管理办法》第十九条，销售方应向付款方开具发票。若未取得发票，可能面临以下风险：

   • 无法在企业所得税前扣除该笔费用，增加税务成本；
     
   • 若被税务机关查处，可能被要求补缴税款并处罚款。
     
   • 操作建议：
     （1）再次要求招标代理机构开具发票，并明确告知其税务风险；
     （2）若对方仍拒绝，可向当地税务局举报其未按规定开具发票的行为。

总结：建议优先通过书面催告和行政投诉解决问题，若无效则及时启动法律程序。同时，务必保留所有相关证据，以保障自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。