对于未认定为犯罪工具的扣押在案的物品，确实应在判决中明确发还。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
物权保护原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，公民的合法财产受法律保护，任何组织或者个人不得侵犯。对于未被认定为犯罪工具的扣押物品，其所有权并未发生转移，仍属于原所有人。
- 法院在判决中明确发还此类物品，是遵循物权保护原则，确保公民的合法财产不受非法侵害。
程序公正原则：
- 刑事诉讼程序应当遵循公正、公平、公开的原则。对于扣押物品的处理，也应当体现这一原则。
- 明确发还未被认定为犯罪工具的扣押物品，是程序公正的重要体现，有助于维护司法公信力。
二、实际操作与流程
判决中的明确表述：
- 在刑事判决中，法院应当对扣押物品的性质进行认定，并明确表述哪些物品属于犯罪工具，哪些不属于。
- 对于未被认定为犯罪工具的扣押物品，法院应在判决中明确指出其应发还给原所有人或合法持有人。
执行阶段的操作：
- 判决生效后，执行机关（如法院执行庭）应负责将未被认定为犯罪工具的扣押物品发还给相关人员。
- 执行过程中，应确保物品的完整性和安全性，避免造成不必要的损失或损坏。
三、特殊情况与考虑
物品保管与损耗：
- 在扣押期间，如果物品因保管不善而发生损耗或损坏，法院在判决中应考虑这一因素，并可能要求相关责任方进行赔偿。
- 但这并不影响法院对物品性质的认定和发还决定的作出。
利害关系人的权益：
- 如果扣押物品涉及多个利害关系人（如共有人、抵押权人等），法院在判决中应明确各方的权益，并确保发还决定不会损害任何一方的合法权益。
- 在这种情况下，法院可能需要组织听证会或调解程序，以平衡各方利益。
四、法律后果与责任
未明确发还的法律后果：
- 如果法院在判决中未明确发还未被认定为犯罪工具的扣押物品，可能构成程序违法或实体违法。
- 相关人员（如原所有人或合法持有人）有权提出上诉或申诉，要求法院纠正错误并发还物品。
执行不力的责任：
- 如果执行机关在判决生效后未及时发还物品，或者发还过程中存在违法行为（如私自变卖、毁损物品等），相关责任人员可能承担法律责任。
- 这包括行政责任、民事责任甚至刑事责任，具体取决于违法行为的性质和后果。
建议：如果您或他人遇到此类情况，即扣押在案的物品未被认定为犯罪工具但判决中未明确发还，建议及时向法院提出申请或申诉，要求法院明确发还决定并监督执行过程。同时，也可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。