检察院认为公安扣押的财物不属于作案工具时，并不意味着可以直接发还，而是需要遵循一定的法律程序和规定。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律程序与规定
扣押财物的处理原则：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，扣押的财物应当与案件有关，且作为证据使用或需要予以没收、追缴等。若检察院认为扣押的财物不属于作案工具，即该财物与案件无直接关联或不需要作为证据使用，那么该财物在法律上应被视为不应扣押的物品。
发还财物的程序：
- 检察院在审查案件过程中，若发现扣押的财物不属于作案工具，应当及时通知公安机关，并建议公安机关解除扣押。
- 公安机关在接到检察院的建议后，应当进行审查，并依法作出处理决定。若确认财物不属于作案工具，且没有其他需要扣押的理由，公安机关应当及时将财物发还给原所有人或持有人。
特殊情况的处理：
- 若扣押的财物涉及其他法律程序（如民事诉讼、行政诉讼等），或者存在其他需要进一步调查的情况，公安机关可能不会立即发还财物，而是需要等待相关法律程序结束或调查清楚后再作处理。
二、实际操作中的考虑因素
证据的完整性与关联性：
- 即使检察院认为某财物不属于作案工具，但公安机关可能仍认为该财物与案件有关联，需要作为证据使用。在这种情况下，公安机关可能会继续扣押该财物，直到案件审理结束或证据收集完毕。
财物的性质与价值：
- 对于某些特殊性质的财物（如易腐坏、易变质物品）或高价值财物，公安机关可能会根据实际情况，在确保案件需要的前提下，采取更加灵活的处理方式，如及时拍卖、变卖等，并将所得款项予以保管，待案件结束后依法处理。
当事人的权益保护：
- 在处理扣押财物的过程中，公安机关和检察院应当充分保护当事人的合法权益，确保财物的安全、完整，并避免给当事人造成不必要的损失。
三、法律建议
对于当事人：
- 若您认为公安机关扣押的财物不属于作案工具，且希望尽快取回财物，可以向检察院提出申诉或申请监督，要求检察院对公安机关的扣押行为进行审查。
- 同时，您也可以与公安机关沟通，了解扣押财物的具体情况和处理进展，并积极配合公安机关的工作，以便尽快解决问题。
对于公安机关和检察院：
- 公安机关和检察院在处理扣押财物的过程中，应当严格遵守法律规定和程序要求，确保扣押行为的合法性和正当性。
- 同时，双方应当加强沟通与协作，共同维护当事人的合法权益和司法公正。
综上所述，检察院认为公安扣押的财物不属于作案工具时，并不能直接发还财物，而是需要遵循一定的法律程序和规定。在实际操作中，还需要考虑证据的完整性与关联性、财物的性质与价值以及当事人的权益保护等因素。若您对此问题有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。