结论：社会保障性住房有限公司的公章能否用于棚户区改造协议合同，需结合公章性质、合同主体及授权范围综合判断，具体分以下两种情况：

1. 若公章为“公司公章”且合同主体与公司业务相关
   根据《民法典》第490条，依法成立的合同自当事人签字或盖章时成立。若棚户区改造项目属于该公司业务范围（如公司经营范围包含“棚户区改造”“保障性住房建设”等），且使用的公章为公司正式公章（非部门章、合同专用章等），则公章具有法律效力，合同有效。
   关键点：需核实公司营业执照中的经营范围，若包含相关内容，则公章使用合法。

2. 若公章为“部门章”或合同超出公司经营范围

   • 若使用部门章（如“项目部章”），需公司出具书面授权文件，否则可能因“表见代理”规则被认定为无效（对方需证明有理由相信部门有权签约）。
     
   • 若公司经营范围未包含棚户区改造，但实际从事该业务，需结合地方政策判断。部分地区允许保障性住房企业参与棚改，但需以行政许可或备案文件为准。若无相关文件，合同可能因“超越经营范围”被质疑效力，但司法实践中通常以实际履行情况认定。
     关键点：部门章需授权，经营范围需结合地方政策补充证明。

建议操作步骤：

1. 核查公司公章类型（正式公章需有公司全称及五角星防伪标识）；
   
2. 核对公司营业执照中的经营范围；
   
3. 若涉及部门章，要求公司出具加盖公章的授权书；
   
4. 咨询当地住建部门，确认棚改项目是否需特殊资质或备案。
   

风险提示：若公章使用不当（如伪造、私刻），可能涉及合同无效及刑事责任（《刑法》第280条）。签约前务必完成上述核查。

如有进一步细节（如公章样式、合同条款），可继续向我说明，我会结合具体情形补充分析。