结论：农村建房签订合同后，若施工方未按合同执行且房屋质量存在问题，二年过后是否还能追究施工方的责任，需视具体情况而定，但一般情况下，若超过诉讼时效且无中断、中止事由，则可能丧失胜诉权。不过，若存在质量问题且未超过最长保护期，或存在其他特殊情况，仍有可能追究责任。

一、诉讼时效的基本规定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，在一般情况下，如果权利人在知道或应当知道其权利受到损害之日起三年内未提起诉讼或申请仲裁，则可能丧失胜诉权。对于农村建房合同纠纷而言，如果房屋质量问题在二年内被发现，且权利人未在此期间内采取法律行动，那么从诉讼时效的角度来看，确实可能面临一定的风险。

二、诉讼时效的中断与中止

1. 诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果因权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等事由，导致诉讼时效期间重新计算，则称为诉讼时效中断。对于农村建房合同纠纷，如果权利人在二年内曾向施工方提出过质量异议或要求修复，且能提供相应证据，那么诉讼时效可能因此中断并重新计算。

2. 诉讼时效中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。对于农村建房合同纠纷，如果权利人因特殊原因（如疾病、外出等）无法在二年内提起诉讼，且能提供相应证据，那么诉讼时效可能因此中止。

三、最长保护期的规定

除了三年的普通诉讼时效期间外，《中华人民共和国民法典》还规定了最长保护期，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。对于农村建房合同纠纷而言，如果房屋质量问题在二年内未被发现，但自房屋建成之日起未超过二十年，且能证明质量问题与施工方的违约行为有关，那么权利人仍有可能在最长保护期内追究施工方的责任。

四、实际案例与法律建议

1. 实际案例：在某农村建房合同纠纷中，房屋建成后二年内发现存在质量问题，但业主未及时采取法律行动。后业主在五年后提起诉讼，要求施工方承担修复责任。法院经审理认为，虽然业主未在三年诉讼时效期间内提起诉讼，但考虑到房屋质量问题严重且自房屋建成之日起未超过二十年，同时业主能提供初步证据证明质量问题与施工方的违约行为有关，因此判决施工方承担部分修复责任。

2. 法律建议：

   • 及时取证：在发现房屋质量问题后，应及时收集相关证据，如照片、视频、检测报告等，以证明质量问题与施工方的违约行为有关。
   • 咨询律师：在采取法律行动前，应咨询专业律师，了解诉讼时效、证据收集、法律程序等方面的知识，以便更好地维护自己的权益。
   • 适时主张权利：在诉讼时效期间内，应及时向施工方提出质量异议或要求修复，并保留相关证据。如果无法直接与施工方协商解决，可以考虑通过法律途径解决纠纷。

总结：农村建房签订合同后，若施工方未按合同执行且房屋质量存在问题，二年过后是否还能追究施工方的责任需视具体情况而定。如果存在诉讼时效中断、中止的事由，或者自权利受到损害之日起未超过二十年，且能证明质量问题与施工方的违约行为有关，那么权利人仍有可能追究施工方的责任。不过，为了避免不必要的法律风险，建议权利人在发现房屋质量问题后及时采取法律行动。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。