员工协议离职时，离职补偿并不绝对受3倍限制，是否受3倍限制需分情况讨论。以下是对此问题的详细分析：

一、离职补偿受3倍限制的情况

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍时，经济补偿的标准会按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这种情况下，离职补偿就受到了3倍的限制。

举例说明： 假设某地区上年度职工月平均工资为5000元，其三倍为15000元。若劳动者月工资为20000元，且在该地区工作超过12年，那么离职时经济补偿标准将按15000元计算，且补偿年限最多为12年，即最高补偿为180000元（15000元×12年），而非按照实际月工资20000元计算。

二、离职补偿不受3倍限制的情况

1. 劳动者月工资未超过当地上年度职工月平均工资三倍： 在这种情况下，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。因此，离职补偿不会受到3倍的限制。

2. 用人单位违法解除或终止劳动合同： 如果用人单位违法解除或终止劳动合同，需要支付的赔偿金是经济补偿标准的二倍。这种情况下，赔偿金可能高于3倍的限制，因为赔偿金的计算基数是经济补偿金，而经济补偿金本身可能已经接近或超过3倍的限制（在劳动者月工资较高的情况下），再乘以二倍后，赔偿金自然可能更高。

三、其他注意事项

1. 双方协商一致： 在实际操作中，如果用人单位和劳动者双方协商一致，且不存在欺诈、胁迫等违法情形，那么离职补偿的金额可以高于3倍的限制。这种约定通常是有效的，但需要注意遵守相关法律法规和税收政策。

2. 税务处理： 当离职补偿高于3倍时，税务处理也较为关键。不同情况有着不同的纳税计算方式，需要根据具体金额和税收政策进行计算和缴纳。

建议：在处理员工协议离职补偿问题时，应首先查阅劳动合同和公司规章制度中的相关约定，并结合《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。