结论：员工违规罚款一个月工资、停职三个月的处理方式，在多数情况下是不合法且不合理的，具体需结合违规性质、公司制度及法律规定综合判断。以下从法律和实务角度展开分析：

1. 罚款一个月工资：通常违法

根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在因劳动者本人原因给单位造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若直接罚款一个月工资（即扣除100%工资），明显超出法定比例，属于违法行为。
例外情形：若劳动合同或规章制度中明确约定了违规处罚条款（如“严重失职导致重大损失可扣除部分工资”），且扣除比例合法，则可能部分合法。但“一个月工资”的处罚仍可能因比例过高而被认定无效。

2. 停职三个月：需区分性质

停职属于用人单位的内部管理措施，但需满足以下条件：

• 合法性：停职决定需基于明确的规章制度（如《员工手册》中规定“严重违规可停职”），且制度需经民主程序制定并公示；
  
• 合理性：停职期限应与违规程度匹配。例如，轻微违规停职三个月可能被认定为滥用管理权；
  
• 程序性：停职期间应保障员工基本权益（如发放最低工资、缴纳社保），否则可能构成变相克扣工资。
  风险提示：若停职无制度依据或程序违法，员工可主张恢复劳动关系并索赔。

3. 综合判断：需结合违规情节

• 轻微违规（如迟到、未完成工作）：罚款+停职的处理明显过重，可能被认定为违法；
  
• 严重违规（如贪污、泄露商业秘密）：用人单位可依据制度解除劳动合同，但罚款仍需遵守比例限制，停职期限也需合理。

4. 实务建议

• 对用人单位：
  
  1. 制定合法合规的规章制度，明确违规情形及处罚标准；
     
  2. 处罚前需固定证据（如违规事实、损失证明）；
     
  3. 处罚决定应书面告知员工并允许申辩。
     
• 对员工：
  
  1. 若认为处罚违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
     
  2. 保留劳动合同、工资条、处罚通知等证据。

总结：罚款一个月工资和停职三个月的处理方式，在多数情况下缺乏法律依据，建议用人单位谨慎操作，员工也可依法维权。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。