公司按旷工罚款三倍工资的做法，一般是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与具体规定
无法律授权：
- 我国现行法律法规并未明确赋予用人单位可以对旷工员工扣三倍工资的权利。这意味着，从法律层面来看，用人单位无权随意制定如此高额的罚款标准。
劳动报酬权益保障：
- 根据《劳动法》等相关法律规定，工资是劳动者通过付出劳动依法应获得的报酬。用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。扣三倍工资严重侵害了劳动者获取劳动报酬的合法权益。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 若因劳动者的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权扣除部分工资作为赔偿，但扣款额度必须严格控制在劳动者当月工资的20%以内。任何超出此比例的扣款都是不符合法律规定的。
旷工当天的工资处理：
- 旷工当天，用人单位可以不支付该日的工资，但除非给用人单位造成了经济损失，否则不得额外扣减其他工资。
经济损失的赔偿：
- 如果劳动者因故意或重大过失给用人单位造成了经济损失，用人单位在扣除工资以弥补损失时，也必须遵循法律规定，即扣款额度不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地政府所设定的月最低工资标准，则应按照最低工资标准予以发放。
特殊情况与处理
规章制度依据：
- 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该规章制度制定程序合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），内容合理（不能明显畸重），那么在这种情况下，按规章制度适当扣减工资可能被认定为合法。但即便如此，扣三倍工资也通常超出了合理范畴。
实际经济损失的赔偿：
- 在特殊情况下，如果员工的不当行为确实给雇主带来了实际经济损失，雇主有权相应地扣除员工部分薪酬，但每月扣除的金额仍不得超出该员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
劳动者权益保护与建议
沟通协商：
- 如果劳动者认为用人单位旷工扣三倍工资的做法侵犯了其合法权益，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其纠正不合理的扣薪行为。
投诉与仲裁：
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自身权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以证明用人单位的扣薪行为违法。
法律咨询：
- 在处理此类纠纷时，劳动者也可以寻求专业律师的帮助，以便更好地了解自己的权益和义务，以及如何有效地维护自己的合法权益。
综上所述，公司按旷工罚款三倍工资的做法通常是不合法的。用人单位在制定内部工资支付制度时，应严格遵守相关法律法规，确保扣款行为合法合理。对于旷工行为，原则上应当扣除当日的工资，若造成经济损失，则每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。