在双方履行协议过程中，若应付款被第三人冻结，双方在一定条件下是可以继续主张抵消的，但具体情况需具体分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、可以主张抵消的情况
债权性质与到期情况：
- 若双方互负的到期债务，且债务的种类、品质相同，根据《民法典》的相关规定（原《合同法》第九十九条的类似精神），任何一方可以将自己的债务与对方的债务抵销。在此情况下，即使应付款被第三人冻结，该冻结主要是控制性措施，旨在限制债务人向债权人清偿，但并不妨碍债务人依据其与债权人之间的合同关系行使抵销权。
- 例子：假设A公司欠B公司货款100万元，同时B公司也欠A公司服务费100万元，且两笔债务均已到期。若此时A公司应支付给B公司的货款被第三人冻结，A公司仍可以主张用其对B公司的服务费债权来抵销B公司对其的货款债权。
抵销的合法性与合理性：
- 抵销行为本身需合法，且不得违反法律的强制性规定或合同的约定。在应付款被冻结的情况下，只要抵销行为不损害第三人的合法权益（如冻结债权人的利益），且符合抵销的法定条件，就可以进行。
二、不可以主张抵消的情况
债权被冻结后的处分限制：
- 若被冻结的债权因特定原因（如涉及诉讼、仲裁等）而处于处分受限状态，且该限制明确禁止了债权的转让或抵销，则在此情况下，双方不得主张抵销。因为抵销行为本身意味着对债权的处分，若债权已被冻结且无处分权，则抵销行为将违反法律规定。
- 例子：若A公司欠B公司的货款因A公司涉及其他诉讼而被法院冻结，且冻结裁定中明确禁止了A公司对该货款的任何处分行为（包括抵销），则在此情况下，B公司不得主张用其对A公司的其他债权来抵销该被冻结的货款。
债权分属不同法律关系：
- 若双方互负的债务分属不同的法律关系，且这些法律关系之间存在明显的冲突或不相容性，则可能不符合“互负债务”的法定条件，从而无法主张抵销。例如，一个债务是基于房屋买卖合同产生的，而另一个债务是基于担保追偿权产生的，且两者到期时间不同，在此情况下，可能无法直接主张抵销。
公法利益与私法利益的冲突：
- 在公法利益（如执行程序中的债权人利益）与私法利益（如合同双方之间的债权债务关系）发生冲突时，按照法律的适用原则，理应优先适用公法。因此，若抵销行为将损害公法利益（如执行债权人的利益），则可能无法得到法院的支持。
三、法律建议与后果
- 法律建议：在面临应付款被第三人冻结且双方希望主张抵销的情况下，建议首先审查债权的性质、到期情况以及是否存在处分限制等因素。同时，咨询专业律师以获取更具体的法律意见和操作方案。
- 可能的法律后果：若未经审查擅自进行抵销行为，可能面临抵销无效、被要求恢复原状或承担违约责任等法律后果。此外，若抵销行为损害了第三人的合法权益（如冻结债权人的利益），还可能面临法律责任和赔偿要求。
综上所述，双方在履行协议过程中若应付款被第三人冻结，能否继续主张抵消需根据具体情况进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。