结论前置：公司以维修款为由扣减您被拖欠的工资，是否合理需分情况讨论。若维修款与您的工作内容无关或未经合法程序确认，则公司行为不合法；若维修款确因您的工作失误导致且公司能提供充分证据，则可能被认定为合理扣减，但需符合法定程序和限度。
一、公司扣减维修款是否合法，需看维修款是否与您的工作内容相关
若维修款与您的工作内容无关：
- 公司无权以维修款为由扣减您的工资。根据《劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。公司拖欠您工资三年，本身已违反法律规定，若再以无关的维修款为由扣减，更是错上加错。
- 建议：您有权要求公司全额支付拖欠的工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
若维修款与您的工作内容相关，且因您的工作失误导致：
- 公司可能主张因您的工作失误导致维修费用产生，从而要求您承担部分或全部维修款。但即便如此，公司也不能随意扣减您的工资。
- 关键点：公司需提供充分证据证明维修款确因您的工作失误导致，且扣减的金额需合理、合法。同时，扣减工资需符合法定程序，如事先与您协商一致、在劳动合同中明确约定等。
- 建议：若公司确实能提供充分证据，且扣减金额合理、程序合法，您可能需要承担部分维修款。但您仍有权要求公司就扣减部分提供详细说明和证据，并可咨询专业律师评估扣减的合法性和合理性。
二、公司扣减维修款需符合法定程序和限度
法定程序：
- 公司扣减工资需事先与您协商一致，或在劳动合同中明确约定扣减的情形和金额。未经您同意或劳动合同未约定，公司不得随意扣减工资。
- 建议：您可要求公司出示相关协商记录或劳动合同条款，以确认扣减是否符合法定程序。
法定限度：
- 即便公司有权扣减工资，扣减的金额也需在合理范围内。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 建议：您可计算公司扣减的金额是否超过您当月工资的20%，以及扣除后是否低于当地月最低工资标准，以评估扣减的合法性。
三、您可采取的法律措施
与公司协商：
- 您可尝试与公司协商，要求公司全额支付拖欠的工资，并就维修款问题达成合理解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，您可向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 您还可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的经济补偿。
最后，公司以维修款为由扣减您被拖欠的工资，是否合理需根据具体情况判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。