结论：在厂子上班时，怀孕员工不被允许上厕所是不合法的。
法律背景与解释：
劳动法保护：
- 根据我国《劳动法》及相关规定，劳动者享有获得劳动安全卫生保护的权利。这包括在工作过程中享有必要的休息和生理需求满足的权利，如上厕所。
- 怀孕员工由于生理原因，可能需要更频繁地上厕所，这是正常的生理需求，应当得到尊重和满足。
反歧视原则：
- 劳动法还规定了劳动者在就业过程中不受歧视的原则。怀孕员工不应因其怀孕状态而受到不公平的待遇，包括限制其上厕所等基本生理需求。
- 如果厂子因为员工怀孕而限制其上厕所，这可能构成对怀孕员工的歧视，违反了反歧视原则。
可能的法律后果：
- 如果厂子存在不让怀孕员工上厕所的行为，员工有权向劳动监察部门投诉，要求厂子改正并可能获得相应的赔偿。
- 在严重情况下，厂子可能面临行政处罚，甚至可能因违反劳动法而承担民事责任。
法律建议：
- 与厂子沟通：首先，怀孕员工可以尝试与厂子管理层进行沟通，说明自己的生理需求和法律权益，要求厂子提供合理的上厕所时间。
- 收集证据：如果沟通无果，员工可以收集相关证据，如工作记录、同事证言等，以证明厂子存在不让上厕所的行为。
- 投诉与维权：员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求厂子改正违法行为，并可能获得相应的赔偿。在必要时，员工还可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
特殊情况考虑：
- 如果厂子因为生产安全等特殊原因需要限制员工上厕所的时间或地点，那么厂子应当提供合理的替代方案，如设置临时厕所或安排员工轮流上厕所等，以确保员工的生理需求得到满足。
- 在任何情况下，厂子都不得以员工怀孕为由限制其上厕所等基本生理需求。
总结：怀孕员工在厂子上班时享有上厕所等基本生理需求的权利，厂子不得以任何理由限制。如果厂子存在不让怀孕员工上厕所的行为，员工有权向劳动监察部门投诉并维护自己的权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。