当劳动合同约定的工作地点与用人单位注册地不一致时，法院管辖的确定主要依据劳动合同履行地和用人单位所在地的相关规定。具体来说，可以从以下几个方面进行分析：
一、劳动争议仲裁阶段的管辖
在劳动争议仲裁阶段，根据《劳动争议调解仲裁法》第二十一条的规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。这意味着，如果劳动合同约定的工作地点（即劳动合同履行地）与用人单位注册地不一致，劳动者可以选择向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。若双方当事人分别向两地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，则由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖，这有助于方便劳动者维权，减少其维权成本和负担。
二、劳动争议诉讼阶段的管辖
进入诉讼阶段后，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三条的规定，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。这一规定同样适用于劳动合同约定的工作地点与用人单位注册地不一致的情况。具体来说：
劳动合同履行地管辖：如果劳动合同明确约定了工作地点，并且该地点与用人单位注册地不一致，那么劳动者可以选择向劳动合同履行地的基层人民法院提起诉讼。这有助于法院更准确地了解劳动争议发生的实际情况，从而作出更公正的裁决。
用人单位所在地管辖：劳动者也可以选择向用人单位所在地的基层人民法院提起诉讼。这通常适用于劳动合同未明确约定工作地点，或者约定不明确的情况。
选择管辖：在两个以上人民法院都有管辖权的情况下，原告可以向其中一个人民法院起诉。如果原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉，则由最先立案的人民法院管辖。
特殊情况：如果劳动合同履行地不明确，那么由用人单位所在地的基层人民法院管辖。
三、实际案例与法律适用
在实际操作中，劳动合同履行地的认定通常依据劳动者的实际工作场所地。如果劳动合同对履行地有明确约定，且该约定符合法律规定，那么通常以约定的履行地为准。例如，合同约定劳动者在某地的分公司工作，那么该地即为履行地。如果劳动合同未约定或约定不明确，则以劳动者实际从事工作的地点来认定。
此外，当用人单位注册地与劳动合同履行地不一致时，有关劳动者的最低工资标准、劳动保护、劳动条件、职业危害防护和本地区上年度职工月平均工资标准等事项，按照劳动合同履行地的有关规定执行。如果用人单位注册地的有关标准高于劳动合同履行地的标准，且用人单位与劳动者约定按照用人单位注册地的有关规定执行的，那么从其约定。
总结与建议：
当劳动合同约定的工作地点与用人单位注册地不一致时，法院管辖的确定主要依据劳动合同履行地和用人单位所在地的相关规定。在劳动争议仲裁和诉讼阶段，劳动者可以根据实际情况选择向劳动合同履行地或用人单位所在地的仲裁委员会或法院申请仲裁或提起诉讼。为了确保自身权益得到有效维护，建议劳动者在签订劳动合同时明确约定工作地点，并保留好相关证据材料。如果遇到法律难题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。