结论：合同约定管辖法院为公司的经营地址，在经营地与登记地址不一致的情况下，该约定是否有效需分情况讨论。若约定符合法律规定且不违反级别管辖和专属管辖，则有效；反之，则可能无效。
详细分析：
约定管辖的有效性条件：
- 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，合同双方可以在书面协议中明确约定管辖法院，这是尊重当事人意思自治的体现。但该约定必须合法有效，即不违反级别管辖和专属管辖的规定。
- 在您的案例中，若合同明确约定了管辖法院为公司的经营地址，且该约定不违反上述规定，那么该约定在法律上是有效的。
经营地与登记地址不一致的影响：
- 当公司的经营地址与登记地址不一致时，约定管辖的效力可能受到挑战。因为在实际操作中，法院可能会考虑被告的实际经营地或主要办事机构所在地来确定管辖权。
- 如果合同约定的经营地址是公司实际进行经营活动的主要场所，且该场所与合同履行有密切关联，那么该约定管辖法院可能被认定为有效。
- 然而，如果合同约定的经营地址并非公司实际经营地，或者该地址与合同履行无直接关联，那么该约定可能因缺乏实际联系而被认定为无效。
无约定或约定无效时的处理：
- 如果合同中没有约定管辖法院，或者约定的管辖法院因上述原因被认定为无效，那么根据《民事诉讼法》的规定，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
- 在此情况下，被告住所地一般指公司的登记住所地。但如果能证明实际经营地与合同履行有密切关联，实际经营地法院也可能获得管辖权。
法律建议：
- 明确约定：在签订合同时，应尽可能明确约定管辖法院，并确保该约定符合法律规定且不违反级别管辖和专属管辖。如果可能，可以约定多个管辖法院以增加灵活性。
- 保留证据：为了证明合同约定的经营地址是公司实际经营地，应保留相关证据，如租赁合同、营业执照、税务登记证等。
- 及时咨询：如果面临合同纠纷且对管辖权有疑问，应及时向我咨询，以便根据具体情况制定合适的诉讼策略。
可能后果：
- 如果约定管辖法院有效，那么案件将由该法院管辖，这可能有利于当事人就近解决纠纷，降低诉讼成本。
- 如果约定管辖法院无效，那么案件可能由被告住所地或合同履行地法院管辖，这可能导致当事人需要跨地区诉讼，增加诉讼难度和成本。
综上所述，合同约定管辖法院为公司的经营地址在经营地与登记地址不一致的情况下是否有效，需根据具体情况和法律规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。