关于您提出的“政府投资标准厂房是否可以协议出让”的问题，这主要取决于具体的政策规定和操作流程。以下是根据《上犹县政府投资类标准厂房转让管理办法》的相关内容，为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，政府投资建设的工业园区标准厂房的转让管理，是受到严格规范的，旨在促进企业集中、产业集群、用地集约，以及推动工业经济的转型升级和土地的节约集约利用。

在转让方式上，根据该管理办法，原则上政府投资的标准厂房是以公开竞价的方式在指定的产权交易机构进行公开处置的。这是为了确保转让过程的公开、公平、公正，防止国有资产流失。

然而，该管理办法也提供了例外情况，即经上犹县开放型经济工作领导小组会议研究同意的，可以采取协议方式按确定的转让底价进行有偿转让。这意味着，在特定条件下，政府投资的标准厂房是可以通过协议出让的方式进行的，但这一过程需要经过严格的审批程序。

此外，无论采用哪种转让方式，都需要遵循一系列的规定和程序，包括但不限于：拟购买企业需要向相关部门提出书面申请，转让价格需要以经依法评估且经政府核准或备案同意的价格为依据，转让面积需要以实际证载建筑面积为准，付款方式需要符合规定，以及在购买方缴清全部购房款后依法办理不动产权属转移登记手续等。

综上所述，政府投资的标准厂房在原则上是通过公开竞价的方式进行转让的，但在特定条件下，经相关部门研究同意后，也可以采取协议出让的方式。不过，无论采用哪种方式，都需要严格遵守相关的政策规定和操作流程。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。