关于“工改商是否可以协议出让”的问题，这涉及到我国国有土地使用权出让的相关法律规定，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十三条，国有土地使用权出让确实可以采取协议、招标、拍卖等多种方式。然而，对于工业用地（工改商通常涉及工业用地性质的变更）的出让方式，法律有更为具体的规定。

在2006年8月31日之前，由于“经营性用地”的具体定义尚不明确，工业用地是否包含在内存在争议。但根据《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规范(试行)》的表述，工业用地与经营性用地似乎是两个并列概念，而非包含关系。不过，这一时期的法律规定并未明确排除工业用地通过协议方式出让的可能性。

然而，自2006年8月31日之后，情况发生了变化。根据相关规定，工业用地明确纳入了强制招拍挂的范围。这意味着，在大多数情况下，工业用地的出让应当通过招标、拍卖或挂牌的方式进行，以确保公平、公正和透明。同时，“国土资发〔2007〕78号”文还就此设置了一定的过渡期，至2007年6月30日届满，进一步明确了这一政策导向。

在法律适用原则上，根据《立法法》的相关规定，新的规定与旧的规定不一致的，适用新的规定。因此，在2006年8月31日之后，工业用地原则上应通过招拍挂方式出让。

不过，值得注意的是，相关法律法规也规定了几种特殊情形仍可采用协议出让工业用地。但这些特殊情形通常与特定的政策导向、产业扶持或公共利益相关，并非普遍适用。对于“工改商”这种涉及土地用途变更的情况，除非符合特定的政策条件或法律法规的例外规定，否则一般难以通过协议方式出让。

综上所述，在大多数情况下，“工改商”涉及的工业用地出让应当遵循招拍挂的原则，而非协议出让。当然，具体政策可能因地区、时间或特定项目而有所差异，建议您在具体操作前咨询当地国土资源部门或专业律师以获取准确信息。