员工提交离职申请后发现怀孕，一般情况下不能单方面反悔并要求继续履行劳动合同。以下从不同角度对此问题进行分析：
离职申请的合法性与撤销问题
离职申请的合法性：员工在提交离职申请时，若并不知晓自己已怀孕，那么该离职申请是其作为完全民事行为能力人主观上的真实意思表示，不属于重大误解的范畴。因此，双方的民事行为是双方真实意思表示，合法有效，双方均应当履行。
离职申请的撤销：离职申请实质上是解除劳动合同的意思表示，一经到达对方即发生法律效力。若员工想要撤销离职申请，需要得到对方的同意。在员工提交离职申请后，若公司并未同意其撤销申请，那么员工的撤销行为未发生法律效力，双方仍应按照原离职申请履行。
孕期女职工解除劳动合同的特殊性
虽然法律对孕期女职工有特别保护，规定用人单位不得解除其劳动合同，但并未规定孕期女职工提出解除劳动合同后，用人单位不能解除劳动合同。因此，在员工主动提出离职并经公司同意后，其解除劳动合同的意思表示已经发生法律效力。尽管后来发现怀孕，亦不能改变双方协商一致解除劳动合同的事实。
实际案例参考
以赵小丹案为例，赵小丹在离职前夕发现自己已怀孕，并申请撤销之前的离职申请，但公司方面并未同意其撤销申请。双方因此发生劳动争议，仲裁委和法院均驳回了赵小丹的全部请求，认为离职申请一经到达对方即发生法律效力，撤销需要得到对方同意，且孕期女职工提出解除劳动合同后，用人单位并非不能解除劳动合同。
建议与注意事项
员工角度：在提交离职申请前，应充分考虑自身情况，包括是否可能怀孕等特殊因素。若已提交离职申请后发现怀孕，应尽快与公司沟通，看是否能达成一致意见撤销离职申请。但需注意，公司有权拒绝撤销申请。
公司角度：在处理员工离职申请时，应严格按照法律法规和公司规章制度执行。若员工提交离职申请后发现怀孕并要求撤销，公司应根据实际情况和法律法规进行判断，并可咨询专业律师意见以避免法律纠纷。
总结来看，员工在提交离职申请后发现怀孕并不能单方面反悔并要求继续履行劳动合同。双方应按照原离职申请履行，除非公司同意撤销离职申请。在实际操作中，建议员工和公司均咨询专业律师意见以避免法律纠纷。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。