未经批准占用耕地建公墓，由县级以上人民政府自然资源主管部门进行处罚。

具体来说，根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，特别是占用耕地建窑、建坟等破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。若构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

因此，未经批准占用耕地建公墓是违法行为，将面临严格的法律处罚。建议相关单位或个人在进行公墓建设前，务必依法办理用地和规划手续，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。