针对“违法占用耕地建坟墓由哪个部门查处”的问题，我可以明确告知您，这一违法行为涉及多个政府部门的查处职责。以下是对各部门职责的详细阐述：

1. 自然资源部门：

   • 负责土地的规划、利用和保护，对土地资源进行全面监管。
   • 针对违法占用耕地建坟墓的行为，自然资源部门有权依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规进行查处，要求恢复土地原状，并可处以罚款。
   • 在具体执法过程中，自然资源部门会进行调查取证，认定违法行为，并责令停止并整改，最终执行行政处罚决定。

2. 民政部门：

   • 主要负责殡葬管理，制定和执行殡葬相关政策和规定。
   • 对于在耕地等禁止区域建造坟墓的行为，民政部门有权进行监管和查处，并可责令限期改正。
   • 民政部门会与自然资源部门等协同工作，共同处理违法占用耕地建坟墓的问题。

3. 农业农村部门：

   • 关注农村土地的使用和农业生产相关事宜，参与耕地建坟墓问题的管理。
   • 负责维护农村土地的合理利用和农业生产的正常秩序，对违反规定在耕地上建坟墓的行为进行指导和监督，并协助相关部门进行处理。

4. 林业部门（如涉及林地）：

   • 若违建坟墓建在林地内，破坏了森林资源和生态环境，林业部门将依法履行职责。
   • 可对毁坏林木、占用林地建坟等违法行为进行查处，并追究相关责任人的法律责任。

综上所述，违法占用耕地建坟墓的行为将由自然资源部门、民政部门、农业农村部门以及（如涉及林地）林业部门等多个部门共同查处。各部门将根据其职责范围，依法进行调查、认定、处罚和监管工作。若您发现此类违法行为，请及时向当地相关部门举报，以便得到及时处理。