在工程承包合伙中，若一人起诉而另一人不同意起诉，处理方式需结合具体情况分析，核心结论如下：

一、诉讼的启动与法院审查

1. 起诉条件：若起诉方认为合伙事务存在纠纷（如债务、利润分配、违约等），且符合《民事诉讼法》规定的起诉条件（如原告与案件有直接利害关系、有明确被告、具体诉讼请求和事实理由等），法院将受理案件。
2. 法院审查重点：法院会审查合伙协议（如有）、出资证明、账目记录等证据，以明确各方权利义务。若协议无约定，则依据出资比例、利润分配等合伙事实，结合《民法典》中关于合伙的规定进行判定。

二、不同意起诉方的权益保障

1. 申请共同原告身份：根据《民事诉讼法》，未起诉的合伙人与案件有直接利害关系，有权申请以共同原告身份参加诉讼，主张自身权益。
2. 放弃实体权利的处理：若不同意起诉方明确表示放弃实体权利，可不列为共同原告；但若既不放弃实体权利，又不参加诉讼，法院仍可能将其列为共同原告，以确保诉讼完整性。
3. 密切关注诉讼进展：不同意起诉方应密切关注诉讼进展，及时向法院表达诉求，防止自身合法权益受损。例如，在合伙债务纠纷中，若起诉方主张的债务属于合伙债务，不同意起诉方可能需承担连带责任。

三、法院判决的依据与可能结果

1. 合伙清算诉求：若起诉方诉求为合伙清算，法院会审查合伙协议、出资证明、账目等证据，按约定或法定比例分配剩余财产或分担亏损。若一方出资不实或抽逃出资，需补足或返还。
2. 赔偿损失诉求：若起诉方诉求为赔偿损失（如因其他合伙人过错致项目亏损），需证明对方存在过错行为、自身损失及因果关系。法院认定成立后，将判过错方赔偿。
3. 合伙事务执行权诉求：若起诉方诉求涉及合伙事务执行权等问题，法院会审查合伙协议约定和法律规定，判断是否存在违约或侵权行为，以保障合伙人合法权益。

四、对合伙人关系的潜在影响

1. 合作关系破裂风险：自行提起诉讼可能对合伙人之间的合作关系产生负面影响，尤其是当诉讼涉及核心利益分歧时。
2. 后续合作可能性：诉讼结束后，合伙人可协商是否继续合作。若法院判决解除合伙，需进行财产清算、债务分担等后续操作。

五、建议与预防措施

1. 完善合伙协议：合伙施工前应签订完善的合伙协议，明确各方权利义务、出资比例、利润分配、决策机制（包括诉讼决策）等，以减少纠纷。
2. 做好财务记录：合伙过程中应做好财务记录，保留相关凭证，以便出现纠纷时能清晰呈现事实。
3. 及时协商解决：遇到问题应及时协商，尽量通过非诉讼方式解决，以维护合伙人关系。

示例说明：假设甲、乙两人合伙承包工程，甲认为乙在财务管理上存在问题，导致项目亏损，欲起诉乙。乙不同意起诉，认为应通过协商解决。此时，甲可单独向法院起诉，法院将审查合伙协议（如有）、账目记录等证据。若协议无约定，法院可能依据出资比例、利润分配等事实判定责任。乙若担心自身权益受损，可申请以共同原告身份参加诉讼，或密切关注诉讼进展，及时向法院表达诉求。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，可直接向我咨询。