当原告以民间借贷为由起诉，但法院在审理过程中发现实际关系为合伙时，法院会采取一系列步骤来全面审查并作出公正判决。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院审查步骤
审查合伙协议：
- 法院首先会查看双方是否签订了合伙协议。合伙协议是判断双方是否存在合伙关系的重要依据。
- 若存在合伙协议，法院会进一步审查协议中对出资方式、利润分配比例、债务承担方式等关键事项有无明确约定。
确定利润与亏损分担：
- 若构成合伙关系，合伙人应按照约定或法定比例分享利润、分担亏损。
- 在债务承担方面，合伙人对外需承担连带责任，即债权人有权要求任意一位合伙人清偿全部债务。该合伙人在清偿后，可依据内部约定向其他合伙人追偿。
考量实际情况：
- 法院会综合考虑双方实际行为表现、资金往来性质、参与经营管理的程度等因素，以判断是否符合合伙特征。
- 例如，法院会审查双方是否共同经营、共担风险，以及资金是否用于合伙事务等。
二、法院判决依据
- 法院会依据《中华人民共和国合伙企业法》等相关法律规定，结合案件具体情况，判定各方的权利义务及责任承担方式。
- 若法院认定双方为合伙关系，则原告不能仅凭转账凭证等要求被告返还资金，而应按照合伙协议的约定或法定比例分享利润、分担亏损。
三、具体案例分析
以您提供的参考信息为例，若原告起诉被告民间借贷，但被告辩称双方是合伙关系，并提供了公司注册信息、股金收据等证据证明双方共同投资设立了公司，则法院可能会作出如下判断：
- 法院会审查双方是否签订了合伙协议（在此案例中，可能表现为公司章程或股东协议）。
- 法院会确认原告是否实际参与了公司的经营管理，以及资金是否用于公司运营。
- 若法院认定双方为合伙关系，则原告不能要求被告直接返还股金，而应按照公司章程或股东协议的约定分享利润、分担亏损。
四、建议与结论
- 对于原告而言，若起诉时发现实际关系为合伙，应调整诉讼策略，按照合伙关系的相关法律规定来主张权利。
- 对于被告而言，应积极提供证据证明双方存在合伙关系，以维护自身合法权益。
- 最终，法院会依据合伙相关法律规定，结合案件具体情况，作出公正的判决。
综上所述，当原告起诉民间借贷但实际为合伙时，法院会全面审查全案证据，依据合伙相关法律规定作出公正判决。因此，在涉及此类纠纷时，双方应充分了解法律规定，积极提供证据，以维护自身合法权益。