单位在员工辞职并领取各项赔偿两年半后，一般不能推翻已作出的工伤认定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、工伤认定的法律效力
工伤认定是劳动保障行政部门根据法律法规的规定，对职工因工作遭受事故伤害或者患职业病是否属于工伤或者视同工伤给予定性的行政确认行为。一旦作出，即具有法律效力，非经法定程序不得随意变更或撤销。
二、推翻工伤认定的法定程序
若单位认为工伤认定存在错误，想要推翻，必须通过法定的行政复议或行政诉讼程序。但这些程序都有严格的时效限制：
行政复议：根据《行政复议法》的规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。
行政诉讼：若对行政复议结果不服，或者未选择行政复议而直接选择行政诉讼，根据《行政诉讼法》的规定，应当在知道作出具体行政行为之日起六个月内提出。但需注意，因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。不过，在工伤认定领域，通常不会涉及如此长的时效。
三、员工辞职并领取赔偿后的影响
员工辞职并领取各项赔偿，并不影响工伤认定的法律效力。工伤认定是基于员工在工作过程中遭受的事故伤害或患职业病的事实作出的，与员工后续是否辞职、是否领取赔偿无关。因此，单位不能以员工已辞职并领取赔偿为由，要求推翻已作出的工伤认定。
四、特殊情况下的考虑
虽然一般情况下单位不能推翻已作出的工伤认定，但在某些特殊情况下，如存在新的证据证明原工伤认定存在错误，且该错误非因单位原因导致未能在法定时效内提出异议的，单位或许可以尝试通过法律途径寻求救济。但这种情况极为罕见，且需要满足严格的法律条件。
五、建议与风险提示
对于单位而言，若对工伤认定有异议，应在法定时效内及时提出行政复议或行政诉讼，以免丧失救济权利。同时，单位应加强与员工的沟通，确保在工伤处理过程中遵循法律法规，避免不必要的法律纠纷。
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