结论前置：员工入职时虚假学历，用工多年后单位以劳动者虚假学历而解除劳动关系，是否构成合法解除，需根据具体情况和法律规定综合判断，并非绝对构成合法解除。
一、从法律规定角度分析
《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，以欺诈手段订立的劳动合同无效。学历造假属于此类欺诈行为，因此，从法律原则上讲，因学历造假订立的劳动合同是无效的。
- 同时，根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，因欺诈导致合同无效的，用人单位可以解除劳动合同。这意味着，如果学历造假被证实，且该造假行为是导致劳动合同订立的关键因素，用人单位有权解除劳动合同。
特殊保护情况：
- 需要注意的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，员工处于孕期、产期、哺乳期等特殊保护期时，即使存在学历造假，用人单位也不得随意解除劳动合同。这是法律对特定员工群体的特殊保护。
二、从实际操作角度分析
学历造假的影响：
- 如果学历造假直接影响员工的工作岗位要求或能力评估，且公司对此有明确要求，那么公司解除劳动合同的决定更可能得到法律的支持。
- 然而，如果学历造假并未实质影响员工的工作表现或能力，且员工已入职多年，为公司做出了贡献，那么公司解除劳动合同的决定可能面临法律风险。
员工的工作表现及能力：
- 员工在入职后通过实际工作证明了自己的能力，即使存在学历造假，也可能成为法院不支持解除劳动合同的理由。因为法律在保护用人单位的同时，也注重保护劳动者的合法权益。
- 长期的工作贡献和良好表现，可能减轻学历造假带来的负面影响，使法院更倾向于保护员工的劳动权益。
公司规章制度与招聘条件：
- 如果公司规章制度中明确将学历造假列为严重违规行为，且在招聘时对学历有明确要求，那么公司解除劳动合同的决定更可能得到法律的支持。
- 反之，如果公司规章制度无相关规定，或招聘时学历非关键录用条件，那么公司解除劳动合同的决定可能不被法律所认可。
三、建议与风险提示
对用人单位的建议：
- 用人单位在发现学历造假后，应首先评估造假行为对劳动合同实际履行的影响，并综合考虑员工的工作表现、能力以及是否存在特殊保护情况等因素。
- 在做出决定前，建议用人单位咨询专业律师的意见，确保决策符合法律法规，避免潜在的法律风险。
- 完善公司规章制度，明确学历等招聘条件的要求，以及违规行为的处理措施，为可能的法律纠纷提供明确的依据。
对劳动者的风险提示：
- 劳动者应遵守诚实信用原则，在入职时提供真实的学历信息。虚假学历不仅可能影响职业生涯，还可能面临法律责任。
- 如果已经存在学历造假的情况，劳动者应尽快与公司沟通，说明情况，并尝试通过其他方式证明自己的工作能力和价值，以减轻可能的法律后果。
总结：员工入职时虚假学历，用工多年后单位以劳动者虚假学历而解除劳动关系，是否构成合法解除，需根据具体情况和法律规定综合判断。用人单位在做出决定前应谨慎评估，并咨询专业律师的意见；劳动者则应遵守诚实信用原则，避免虚假学历带来的法律风险。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。