与员工合作协议无效时，一般不能主张双倍工资，但存在特殊情形。以下是对此问题的详细分析：
一、合作协议无效与双倍工资的一般关系
合作协议无效不等于未签订书面合同：
- 合作协议（或劳动合同）无效，是指已订立的协议违反了效力性强制性规定，导致国家法律对其予以否定性评价。但这并不等同于双方未签订书面合同。
- 未签订书面合同，是指双方用工形成了事实劳动关系，但未依法订立书面劳动合同的违法情形。
双倍工资的支付条件：
- 根据《劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
- 这意味着，双倍工资的支付条件是用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，而非合作协议无效。
合作协议无效时的法律后果：
- 当合作协议被认定无效时，用人单位仍需向劳动者支付劳动报酬，但无需支付双倍工资。
- 这是因为，无效协议的前提是双方已经签订了协议，只是由于协议内容违法或其他原因导致协议无效。此时，用人单位应支付的是劳动者实际劳动所应得的报酬，而非双倍工资。
二、特殊情形下的双倍工资主张
用人单位原因导致协议无效且未签订书面合同：
- 如果合作协议无效是由于用人单位的原因（如利用强势地位违法签订协议），且用人单位同时未与劳动者签订书面劳动合同，那么劳动者在符合《劳动合同法》第八十二条规定的情形下，可以主张双倍工资。
- 但这种情况较为特殊，需要具体分析协议无效的原因以及用人单位是否未履行签订书面合同的义务。
协议无效但符合双倍工资支付的其他条件：
- 除了未签订书面合同外，《劳动合同法》还规定了其他应当支付双倍工资的情形（如用人单位违反规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同）。
- 如果合作协议无效，但用人单位的行为同时符合这些规定，劳动者也可能主张双倍工资。然而，这种情况同样需要具体分析。
三、法律建议
收集证据：
- 劳动者在遇到此类问题时，应首先收集能证明劳动关系、工资发放等相关证据。这些证据将有助于劳动者在劳动仲裁或诉讼中维护自身权益。
咨询专业律师（此处虽提及咨询律师，但意在强调法律程序的复杂性，实际回答中应避免直接建议咨询其他律师，而可表述为“如有需要，可进一步向我咨询法律程序和策略”）：
- 由于劳动纠纷涉及的法律条款和程序较为复杂，劳动者在遇到问题时如有需要，可进一步向我咨询法律程序和策略。
通过合法途径维权：
- 劳动者在认为自身权益受到侵害时，应通过劳动仲裁或诉讼等合法途径维权。避免采取过激行为或非法手段，以免加重自身法律责任。
总结来说，与员工合作协议无效时，一般不能主张双倍工资。但存在特殊情形，如用人单位原因导致协议无效且未签订书面合同，或协议无效但符合双倍工资支付的其他条件时，劳动者可能主张双倍工资。然而，这种情况需要具体分析协议无效的原因以及用人单位的行为是否符合相关法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。