员工待岗的合法程序涉及多个方面，包括待岗的合法性判定、工资待遇的发放以及相关证据的留存等。以下是对这些问题的详细解答：

一、待岗的合法性判定

1. 协商一致原则：

   • 待岗本质上是对劳动合同约定的工作岗位、工作内容、劳动报酬的变更。根据《劳动合同法》第三十五条，这种变更需要用人单位与劳动者协商一致，并采用书面形式。
   • 如果用人单位未经劳动者同意，单方面安排待岗，可能构成违法变更劳动合同，需要承担相应的法律责任。

2. 法定情形：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十二条，用人单位安排员工待岗需要同时满足三个条件：非劳动者本人原因、用人单位停工停业、发放待岗工资或基本生活费。
   • 如果用人单位仅仅基于经营亏损、部门裁撤等理由安排员工待岗，而不满足上述法定情形，则可能构成违法安排待岗。

二、待岗期间的工资待遇发放

1. 工资支付周期内的待遇：

   • 在一个工资支付周期内，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。

2. 超过工资支付周期的待遇：

   • 如果超过一个工资支付周期，且劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准。
   • 如果劳动者没有提供正常劳动，用人单位应按国家有关规定办理，通常包括支付基本生活费。具体标准可能因地区而异，如北京市规定不低于最低工资标准的70%。

三、相关证据的留存

1. 劳动者应留存的证据：

   • 书面待岗通知：证明被安排待岗的事实。
   • 协商待岗的聊天记录、邮件往来等：证明拒绝过待岗安排，并未协商一致。
   • 公司开展业务情况等相关证据：证明公司仍在正常经营，不具备待岗的法定情形。
   • 工资条、银行流水等：证明公司在待岗期间未足额支付工资。

2. 用人单位应留存的证据：

   • 与员工签订的《待岗协议》：证明双方已就待岗事宜达成一致。
   • 第三方审计报告、停工停产通知等：反映经营情况的资料，证明用人单位确实存在停工停业情形。
   • 职工代表大会决议等：证明安排员工待岗经过民主程序。
   • 向员工送达的《停工停产通知书》、《待岗通知书》等：证明已履行通知义务。

四、实际操作建议

• 用人单位：在安排员工待岗前，应确保满足法定情形，并与员工进行充分协商，达成一致意见。同时，应妥善留存相关证据，以备不时之需。
• 劳动者：在面对“被”待岗时，应积极收集、留存相关证据，以维护自己的合法权益。如果认为用人单位的待岗安排违法，可以通过法律途径进行维权。

综上所述，员工待岗的合法程序需要用人单位和劳动者共同遵守相关法律法规，确保待岗安排的合法性和合理性。同时，双方都应注重留存相关证据，以备不时之需。