针对您提出的“公司租厂房可以自己开发票吗，合法吗”这一问题，以下是我的详细解答：

首先，根据《国务院关于修改<中华人民共和国发票管理办法>的决定》以及《国家税务总局货物和劳务税司关于做好增值税发票使用宣传辅导有关工作的通知》中的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，在对外发生经营业务并收取款项时，收款方应当向付款方开具发票。这一规定明确了在经营活动中，收款方有开具发票的义务。

对于您公司的情况，如果作为生产制造企业，将闲置的厂房出租，并因此收取了租金，那么您公司作为收款方，就有义务向承租方开具发票。这一行为并不受公司营业执照上经营范围的限制，即使超出经营范围，也应当据实开具发票。

其次，关于自己开发票是否合法的问题，只要您公司是按照税务部门的规定，正确申报并缴纳了相关税款，同时发票的开具也符合税务部门的要求，那么自己开发票就是合法的。税务部门并没有禁止非特定行业的企业开具与经营范围不完全一致的发票，关键在于发票的开具是否合规、税款是否足额缴纳。

最后，如果您公司对发票的开具或税务处理方面存在疑问，建议及时联系当地的税务部门或拨打12366纳税服务热线进行咨询，以确保公司的税务处理符合法律法规的要求。

综上所述，公司租厂房后，作为收款方，您公司有义务向承租方开具发票，且只要发票的开具符合税务部门的要求，自己开发票就是合法的。