关于您提出的“厂房租赁合同约定租客需开发票自行处理是否合法”的问题，这确实是一个涉及合同法和税务法规的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同约定的合法性基础
从合同法的角度来看，双方当事人在平等、自愿的基础上达成的约定，只要不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，通常具有法律效力。因此，如果厂房租赁合同中明确约定由承租方（即租客）承担租赁税并负责开具发票，这一约定在合同法层面是有效的。但关键在于，这种约定必须不违反相关的税务法规。
二、税务法规的考量
纳税义务主体：
- 根据税收法律法规，房屋出租方通常是法定的纳税义务人，负责缴纳与房屋租赁相关的税费，如增值税、房产税等。这意味着，尽管合同中可能约定由承租方承担税费，但出租方在法律上仍然是纳税义务人，需履行相关纳税义务。
发票开具：
- 发票应当由销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的收款方（即出租方）开具。这是发票管理的基本原则。
- 如果承租方需要发票，通常应由出租方开具。但在某些情况下，如承租方符合税务机关规定的代开发票条件，可以通过税务机关代开等合法途径获取发票。然而，这并不意味着承租方可以自行随意开具发票，必须遵循税务机关的相关规定和流程。
三、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 双方在签订租赁合同时，应明确约定税费的承担方和发票的开具方式。这有助于避免后续产生纠纷，并确保双方对各自的权利和义务有清晰的认识。
合法操作：
- 承租方在承担税费时，应确保税费缴纳的合法性和及时性。这包括按照税务机关的规定申报和缴纳税费，以及保留相关的税费缴纳凭证。
- 如果承租方需要通过税务机关代开发票，应确保提供真实、准确的交易信息，并遵循税务机关的相关规定和流程。
咨询专业意见：
- 如果双方对税费承担或发票开具方式有疑问或争议，建议及时咨询相关部门或法律专业人士的意见。这有助于确保双方的约定符合法律法规的要求，并避免潜在的法律风险。
四、结论
综上所述，厂房租赁合同中约定由承租方承担租赁税并负责开具发票，在一定条件下是合法的。但双方必须严格遵守相关法律法规和税务机关的规定，确保税费缴纳的合法性和发票开具的真实性、合法性。如果双方对此有疑问或争议，建议及时咨询专业人士以获取准确的法律意见。