结论：租厂房双方约定开票类目是否合法需分情况讨论，关键在于开票类目是否与实际交易内容相符，以及是否符合税法规定。以下从不同角度展开分析：

1. 开票类目与实际交易内容一致时，合法

• 根据《中华人民共和国发票管理办法》及税法规定，发票的开具必须真实反映交易内容。若双方约定的开票类目（如“厂房租赁费”）与实际租赁行为一致，且符合税务部门规定的分类标准，则该约定合法。
• 示例：双方签订厂房租赁合同，约定租金为10万元/年，开票类目为“不动产经营租赁服务”，此约定合法。

2. 开票类目与实际交易内容不符时，违法

• 若双方为规避税收或获取不当利益，约定与实际交易不符的开票类目（如将“厂房租金”虚开为“咨询费”“服务费”等），则属于虚开发票行为，违反《发票管理办法》第二十二条，可能面临税务处罚（如罚款、没收违法所得），甚至构成刑事犯罪（如虚开增值税专用发票罪）。
• 示例：双方实际为厂房租赁，但约定开票类目为“技术咨询费”，以降低税负，此约定违法。

3. 特殊情形：税务合规的“类目调整”

• 在少数情况下，若交易本质相同但税务分类存在争议（如厂房租赁与设备租赁的混合业务），双方可通过协商明确主类目，并附详细清单说明。此类调整需以税务部门认可为前提，否则仍可能被认定为违规。
• 建议：涉及复杂交易时，可咨询税务机关或专业律师，确保开票类目符合税法要求。

4. 合同约定与税务责任的独立性

• 即使双方在合同中约定了开票类目，若该类目违反税法，税务机关仍有权要求调整并追缴税款。合同条款不能对抗税法的强制性规定。
• 风险点：一方可能以“合同约定”为由拒绝补税，但最终仍需承担法律责任。

行动建议

1. 核实交易本质：明确租赁标的（如纯厂房、含设备等），确保开票类目与实际一致。
2. 咨询税务机关：对不确定的类目，可向当地税务局申请分类指导。
3. 保留证据：合同、付款记录、沟通记录等应完整保存，以备税务检查。

如有进一步疑问（如具体交易结构、税务筹划合规性等），可直接向我提问，我将结合实务经验为您详细解答。