针对您提出的“抵押合同部分无效抵押登记怎么办”的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确抵押合同与抵押权之间的关系。抵押合同是设立抵押权的基础，但抵押权的设立还需要通过登记这一公示方法来完成。当抵押合同部分无效时，这并不意味着抵押权也必然无效，因为抵押权的设立还受到登记等法定要件的影响。

接下来，我们分情况讨论抵押合同部分无效时抵押登记的处理：

1. 抵押合同部分无效，但抵押权符合善意取得要件：

   • 在这种情况下，尽管抵押合同部分无效，但如果抵押权已登记，并且符合善意取得的构成要件（即受让人受让时善意、以合理价格转让、依法登记或交付），那么善意第三人仍然可以取得抵押权。
   • 此时，抵押权人可以依据登记的抵押权来行使权利，尽管抵押合同部分无效，但这并不影响抵押权的效力。

2. 抵押合同部分无效，且抵押权不符合善意取得要件：

   • 在这种情况下，由于抵押合同部分无效，且抵押权不符合善意取得的构成要件，因此抵押权原则上应随主合同（即抵押合同）的无效而无效。
   • 此时，抵押人应承担相应的缔约过失责任，赔偿债权人因此遭受的损失。同时，抵押权人应当协助办理抵押权注销登记，恢复抵押物的原有状态。

此外，还需要注意的是，抵押合同部分无效并不必然导致借款合同无效。借款合同是主合同，抵押合同是从合同。根据相关法律规定，主合同有效而担保合同（即抵押合同）无效时，债权人无过错的，担保人与债务人对主合同债权人的经济损失承担连带赔偿责任；债权人、担保人有过错的，担保人承担民事责任的部分不应超过债务人不能清偿部分的二分之一。

综上所述，当抵押合同部分无效但抵押权已登记时，我们需要根据具体情况来判断抵押权的效力以及处理方式。如果抵押权符合善意取得要件，则善意第三人可以取得抵押权；如果不符合善意取得要件，则抵押权原则上应无效，抵押人应承担缔约过失责任，并协助办理抵押权注销登记。同时，我们还需要关注借款合同的效力状况，以综合判断整个法律关系的处理方式。