没有研究生文凭扣工资是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
从劳动合同的角度分析：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同应当明确约定工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等条款。如果劳动合同中并未规定学历作为工资发放的依据，那么用人单位以没有研究生文凭为由扣减工资，就违反了劳动合同的约定，属于违法行为。
从劳动法律法规的角度分析：
- 我国劳动法律法规并未规定学历是确定工资水平的必要条件。工资应当根据劳动者的劳动数量、质量以及岗位等因素来确定，而不是基于学历。因此，用人单位以没有研究生文凭为由扣减工资，缺乏法律依据，是不合法的。
从反就业歧视的角度分析：
- 根据《中华人民共和国就业促进法》的相关规定，用人单位招用人员、职业中介机构从事职业中介活动，应当向劳动者提供平等的就业机会和公平的就业条件，不得实施就业歧视。以没有研究生文凭为由扣减工资，实际上是对劳动者的一种就业歧视，违反了就业促进法的规定。
可能的法律后果：
- 如果劳动者遇到用人单位以没有研究生文凭为由扣减工资的情况，可以向当地劳动行政部门投诉，要求用人单位支付拖欠的工资，并可能获得相应的赔偿。同时，劳动者也可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
综上所述，没有研究生文凭扣工资是不合法的。用人单位应当遵守劳动法律法规和劳动合同的约定，按照劳动者的劳动数量、质量以及岗位等因素来确定工资水平，不得实施就业歧视。如果劳动者遇到此类问题，应当及时维护自己的合法权益，可以向黄海律师我咨询相关法律问题。