分公司付款买车，发票开给总公司是合法的，但必须满足特定的条件和要求。以下是详细的分析：

一. 合法性及前提条件

根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，分公司在取得合法的营业执照及税务登记证后，便具备了经营资格和税务登记，可以向税务局申领发票并进行正常的开票业务。然而，这种操作必须基于以下关键前提条件：

1. 合法的经营和纳税资格：分公司必须持有有效且合法的营业执照和税务登记证，这是进行任何商业交易和开具发票的基础。
2. 真实且合法的交易背景：分公司与总公司之间的车辆购买业务往来必须基于真实、合法的交易背景，确保交易的合法性和真实性。
3. 发票管理的合规性：分公司需要严格按照税务机关的规定来管理发票，包括发票的开具、保管、使用等，确保发票管理的合规性。

二. 税务处理要点

在税务处理方面，主要涉及增值税和企业所得税两个税种：

• 增值税：总公司能否抵扣进项税额，关键在于交易的真实性及相关性。如果分公司付款是基于总公司与车辆供应商之间真实的交易，并且符合税务机关的规定，那么总公司理论上是可以进行进项抵扣的。但需要注意的是，资金流、货物流、发票流应当保持一致，或者能够提供合理的解释和证明材料。
• 企业所得税：总公司可以在企业所得税前扣除与车辆购买相关的费用，但这些费用必须与取得收入有关、合理且真实，并且有合法有效的发票及其他证明材料作为支撑。不合理的费用分摊或转移利润可能会引发税务机关的调整。

三. 财务及法律风险

此外，分公司付款买车、发票开给总公司还可能涉及财务和法律风险：

• 财务核算混乱风险：这种操作模式可能导致财务核算的混乱，影响财务报表的准确性。因此，企业需要建立健全的财务管理制度，确保账目的清晰和准确。
• 法律责任界定不清风险：此操作模式可能影响法律责任的界定。为了防范这一风险，企业应保留完整的证据链，包括合同、付款凭证、发票等，以明确各方的权利和义务。

四. 具体操作及防范措施

为了确保操作的合规性和风险的可控性，企业应采取以下具体措施：

1. 规范操作流程：明确分公司与总公司之间的资金往来、交易安排和发票管理规定，确保有合理的商业理由和充分的证明材料来支持这种操作模式。
2. 加强发票开具与管理：分公司应准确开具发票，总公司则需严格审核发票的真实性与准确性，并在财务系统中正确录入相关信息。双方都应记录该笔交易，保证账目的一致性。
3. 强化税务合规管理：加强对税务法规的学习和培训，密切关注政策变化，及时与税务机关沟通咨询，确保税务处理的正确性和合规性。
4. 定期进行财务审计和自查：通过定期的财务审计和自查活动，检查分公司与总公司之间的财务往来和发票使用情况，及时发现并纠正存在的问题。
5. 保留完整证据链：确保所有与交易相关的文件齐全且完整，包括合同、付款凭证、发票等，以备税务或法律审查之需。

综上所述，分公司付款买车、发票开给总公司在法律和税务上是可行的，但企业必须严格遵守相关法律法规和税务规定，确保交易的真实性、发票的合规性以及税务处理的正确性。同时，企业还应加强内部管理和风险控制措施，以降低潜在的财务和法律风险。