1. 关于二审合议庭违反程序被申请回避后能否协商的问题：

   • 核心结论：在二审合议庭因违反程序被申请回避后，案件的处理将进入新的程序阶段，此时双方当事人通常不能直接进行协商以解决案件本身的是非曲直，但可以在法律允许的范围内就赔偿、和解等事宜进行协商。
   • 法律分析：
     • 回避制度的目的：回避制度是为了确保司法公正，防止因审判人员与案件存在利害关系或其他可能影响公正审判的情形，而损害当事人的合法权益。当二审合议庭违反程序被申请回避后，意味着该合议庭的组成或审判行为可能存在问题，需要重新组成合议庭进行审理。
     • 协商的局限性：在回避申请被受理后，案件将进入新的审理程序，此时双方当事人不能就案件本身的是非曲直进行协商，因为这可能影响新合议庭的公正审判。然而，双方可以在法律允许的范围内，就赔偿、和解等事宜进行协商，但这并不改变案件的审理程序和结果。
     • 后续程序：一旦回避申请被批准，案件将由新的合议庭进行审理。新的合议庭将重新审查案件事实、证据和法律适用，并作出公正的判决。
   • 建议：
     • 如果当事人认为二审合议庭违反程序，应及时向法院提出回避申请，并附上相关证据。
     • 在回避申请被受理后，当事人应积极配合新合议庭的审理工作，提供必要的证据和材料。
     • 如果双方希望就赔偿、和解等事宜进行协商，可以在法律允许的范围内进行，但应确保协商内容不违反法律规定，且不影响案件的公正审理。

2. 关于回避申请被批准后的程序：

   • 重新组成合议庭：一旦回避申请被批准，法院将重新组成合议庭进行审理。新的合议庭将由与案件无利害关系、具备相应审判资格的审判人员组成。
   • 重新审理：新的合议庭将重新审查案件事实、证据和法律适用，并可能要求当事人补充提供证据或进行辩论。
   • 作出判决：在重新审理的基础上，新的合议庭将作出公正的判决。该判决将基于案件事实和法律规定，不受之前合议庭行为的影响。

综上所述，二审合议庭因违反程序被申请回避后，案件将进入新的审理程序，双方当事人通常不能直接就案件本身的是非曲直进行协商。但可以在法律允许的范围内就赔偿、和解等事宜进行协商，并应积极配合新合议庭的审理工作。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。