公司辞退员工时，原则上应一次性结清所有工资及手续。以下是对这一问题的详细分析：
法律规定与常规要求：
- 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，在正常情况下，当用人单位辞退员工时，应一次性结算并支付员工在职期间的所有应得工资，包括但不限于基本工资、绩效工资、加班费等。
特殊情况及处理方式：
- 财务流程限制：若企业因财务流程、资金安排等特殊原因无法立即一次性支付工资，应与劳动者进行充分沟通，并协商确定一个合理的支付时间。但这种协商必须建立在劳动者同意的基础上，且不能无限制地拖延支付时间。双方应签订书面协议，明确支付时间和方式。
- 工资争议：若双方对工资数额、计算方式或支付方式等存在争议，应先解决这些争议。用人单位应在争议解决后及时支付无争议部分的工资，对于有争议的部分，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径寻求解决方案。
- 地方特殊规定：不同地区可能有不同的劳动法规或特殊规定，关于是否要求一次性结清工资也可能存在差异。因此，在处理辞退员工时的工资支付问题时，还需参考当地的劳动法规和特殊规定，确保符合当地法律要求。
手续结清：
- 除了工资结清外，公司辞退员工时还应一并结清其他相关手续，如但不限于：工作交接、社保关系转移、离职证明开具等。这些手续的结清对于员工后续的就业和社保权益保障至关重要。
法律建议与后果：
- 若公司未按规定结清工资或手续，劳动者可先与公司协商，要求支付工资并结清手续。协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权责令公司限期支付并结清手续。劳动者也可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠工资、经济补偿及可能产生的赔偿金等。
- 对于公司而言，未按规定结清工资或手续可能面临法律风险和纠纷，包括但不限于：被劳动监察部门处罚、被劳动者提起仲裁或诉讼、影响公司声誉等。
综上所述，公司辞退员工时应一次性结清所有工资及手续，这是法律规定的常规要求。但在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况，这时需要灵活处理并确保符合法律规定。若公司未按规定结清工资或手续，劳动者有权采取法律手段维护自己的权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。