请求判决确认行政协议的效力通常不受起诉期限的限制。以下是从多个角度对此问题的详细分析：

1. 行政协议的性质与无效性：

   • 行政协议是行政机关与公民、法人或其他组织之间为实现特定行政管理目标而达成的协议，具有行政性和合同性的双重属性。
   • 当行政协议存在重大且明显的违法情形时，该协议自始不具有法律效力，即无效。这种无效状态是确定的，不会因时间的推移而变为有效。

2. 法律依据与法理分析：

   • 根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》，审理行政协议案件可参照民事法律规范关于民事合同的相关规定。而《中华人民共和国民法典》并未规定确认合同无效受诉讼时效限制。
   • 行政诉讼法及相关司法解释也未对请求确认行政协议无效设置起诉期限。从法理上讲，无效行政协议的无效状态是确定的，不存在因时间推移使权利义务关系不稳定的情况，因此不应受起诉期限的限制。

3. 司法实践中的观点：

   • 在司法实践中，法院通常认可请求确认行政协议无效不受起诉期限限制的观点。当提起确认无效之诉时，法院主要审查行政协议是否存在无效的法定情形，而不会以超过起诉期限为由驳回起诉。
   • 最高人民法院在相关答复和案例中也明确表达了这一观点，即提起确认行政行为无效之诉不受起诉期限的限制。

4. 起诉期限制度的目的与局限性：

   • 起诉期限制度的主要目的是督促权利人及时行使权利，稳定社会秩序，避免证据灭失。然而，对于涉及公共利益、法律秩序及违法行为纠正的情况，如确认行政协议无效，起诉期限的限制可能受到特别考虑。
   • 因为确认行政协议无效不仅关乎个体权益，更关乎法律体系的正确实施和公共利益的维护。如果设置起诉期限，可能会使一些违法的行政协议因时间过长而“合法化”，这违背了公平正义和合法性原则。

5. 建议与注意事项：

   • 虽然请求确认行政协议无效不受起诉期限的限制，但当事人仍应及时行使权利，避免因时间过长导致证据收集困难等问题，影响自身权益的维护和法院对案件事实的查明。
   • 在提起确认无效之诉时，当事人应充分准备证据，证明行政协议存在无效的法定情形，以提高诉讼的成功率。

综上所述，请求判决确认行政协议的效力通常不受起诉期限的限制。这一原则在法律依据、法理分析、司法实践以及起诉期限制度的目的与局限性等方面均得到充分支持和体现。如果您有关于行政协议效力的法律问题，欢迎直接向我咨询。