确认行政协议无效的，一般不适用起诉期限的限制，但在特定情形下可能存在例外。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：不适用起诉期限
无效行政协议的法律性质：
- 无效行政协议，自始、当然、确定无效，不因时间的经过而产生效力上的变化。这意味着，无论经过多长时间，无效的行政协议都不会因为时间的推移而变得有效。
- 无效行政协议不产生法律上的约束力，当事人无需履行，也不受其限制。因此，从逻辑上讲，对于无效行政协议的确认，不应受到起诉期限的限制。
起诉期限的适用范围：
- 起诉期限通常适用于可撤销的行政行为或行政协议。在这些情况下，行政行为或协议在法律上具有一定的效力，但可能因违法或不当而被撤销。
- 对于无效行政协议，由于其自始无效，不存在撤销的问题，因此也不适用起诉期限的限制。
二、特定情形下的例外
当事人知道或应当知道行政协议无效的情形：
- 如果当事人知道或应当知道行政协议无效，但长时间未提起诉讼，可能会面临一定的法律风险。虽然起诉期限可能不直接适用，但法院在审理时可能会考虑当事人的怠于行使权利的情况。
- 在某些情况下，如果当事人长时间未对无效行政协议提出异议，可能会被视为对协议效力的默认或接受，从而影响法院对协议无效性的认定。
涉及第三人利益的情形：
- 如果无效行政协议涉及第三人的利益，且第三人基于对行政协议效力的信赖而进行了相应的行为或交易，那么法院在审理时可能会更加谨慎地考虑起诉期限的问题。
- 在这种情况下，法院可能会平衡各方利益，考虑是否对第三人的信赖利益进行保护，从而可能对起诉期限的适用产生一定影响。
三、法律建议
及时行使权利：
- 如果当事人认为行政协议无效，应及时向法院提起诉讼或采取其他法律措施，以维护自己的合法权益。
- 避免长时间怠于行使权利，以免面临不必要的法律风险。
咨询专业律师：
- 在处理涉及行政协议无效的问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助当事人更好地维护自己的权益。
- 作为专业律师，我可以为你提供房屋拆迁、土地纠纷、行政纠纷等领域的法律咨询和帮助。如果你有任何相关问题，可以直接向我咨询。
关注法律动态：
- 法律是不断发展和变化的，对于行政协议无效性的认定和起诉期限的适用也可能随着法律的变化而调整。
- 因此，当事人应关注相关法律动态，及时了解最新的法律规定和司法实践，以便更好地维护自己的权益。