针对您提出的“员工报销用虚开发票怎么处理公司责任”这一问题，以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，需要明确的是，虚开发票是严重的违法行为，不仅违反了《中华人民共和国发票管理办法》，还可能触犯《中华人民共和国刑法》的相关规定。当公司发现员工报销时使用了虚开发票，公司应立即采取以下措施来处理并承担相应的责任：

1. 配合调查与承担法律责任：

   • 公司应立即配合税务、工商等相关部门的调查，如实说明情况，提供必要的证据和资料。
   • 根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开发票的行为将面临罚款、有期徒刑、拘役等法律责任。若单位犯罪，单位及直接负责的主管人员和其他直接责任人员均将受到处罚。

2. 全面解决税务问题：

   • 公司需确定虚开金额及应补税款，并及时足额补缴。同时，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。
   • 接受税务机关的处罚决定，并按规定期限和方式缴纳罚款。若对处罚不服，可申请行政复议或提起行政诉讼。
   • 向主管税务机关提出税务清算申请，进行全面清算，并准备并提交相关清算资料。根据清算结果结清税款，税务机关将出具税务清算证明。

3. 内部审查与整改：

   • 公司应对内部报销流程进行全面审查，找出虚开发票的漏洞和原因，并采取措施进行整改，以防止类似问题再次发生。
   • 对涉及虚开发票的员工进行严肃处理，包括但不限于警告、罚款、解雇等，并根据情节严重程度考虑是否追究其法律责任。

4. 依法办理公司注销手续（如适用）：

   • 若公司因虚开发票问题而决定注销，必须遵循一系列严格的法律程序，包括解决税务问题、进行清算、办理工商注销等。
   • 注销公司并不能消除虚开发票的法律后果，相关责任人仍需承担法律责任。

5. 寻求专业帮助：

   • 在处理虚开发票问题和公司责任过程中，建议公司寻求专业的法律和税务顾问的帮助，以确保过程的顺利进行并降低法律风险。

综上所述，当公司发现员工报销时使用了虚开发票，公司应立即配合调查、全面解决税务问题、进行内部审查与整改，并根据情况依法办理公司注销手续（如适用）。同时，公司应寻求专业帮助以确保过程的合法合规性并降低法律风险。