关于公司迟到几分钟就扣钱的问题，这主要取决于公司的规章制度是否合法有效以及该制度的具体内容。以下是我从法律角度给出的详细分析：
公司规章制度的合法性：
- 根据我国现行法律，用人单位并没有直接对员工进行罚款的权利。罚款作为行政处罚的一种，仅由具有行政处罚权的行政机关实施。因此，如果公司直接以罚款的形式扣除员工因迟到几分钟而产生的费用，这在法律上是不被允许的。
- 但是，如果公司有明确的规章制度，并且该制度是按照法定程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知）制定的，那么该制度具有法律效力。在这种情况下，公司可以依据合法有效的规章制度对员工进行相应管理，包括对迟到行为的处理。
规章制度内容的合理性：
- 规章制度中应明确规定迟到的相关处理措施，包括迟到几分钟的扣钱标准等。此标准需合理、公正，不得损害劳动者的合法权益。例如，规定迟到一次扣少量金额，并确保该金额与员工的收入水平相匹配。
- 如果规章制度中的扣钱标准过高或不合理，那么公司依据此制度扣钱将是不合法的，员工有权提出异议并维护自己的合法权益。
员工的应对措施：
- 员工应首先查阅公司的员工手册或咨询人事部门，以了解公司关于迟到的具体规定。如果认为公司的扣钱行为不合理或不合法，员工应先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和理由。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，由其对公司的行为进行调查处理；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，公司能否因员工迟到几分钟就扣钱，关键在于公司的规章制度是否合法有效以及扣钱行为是否合理公正。作为员工，应了解自己的权益，并在必要时采取适当的措施维护自己的合法权益。如果您有任何关于劳动工伤（劳动仲裁）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。