结论前置：公司因员工迟到几分钟就扣一百元工资的做法，很可能不合法，具体需结合公司规章制度、劳动合同及地方性法规综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 从劳动合同与规章制度的角度

• 合法性前提：根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定规章制度需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示，否则不得作为处罚依据。若公司未履行此程序，直接扣款可能违法。
• 内容合理性：即使规章制度合法，扣款金额也需合理。例如，若员工月工资5000元，迟到一次扣100元，相当于日工资的1/5（假设月工作25天），可能被认定为“显失公平”。司法实践中，法院可能要求公司调整扣款比例。

2. 从地方性法规的角度

• 部分地区限制：如《江苏省工资支付条例》第十二条规定，因劳动者过错造成用人单位损失的，扣款不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若员工迟到导致公司损失（如客户流失），扣款也需受此限制。
• 无直接损失时：若迟到未造成实际损失，公司仅以“违反纪律”为由扣款，可能缺乏法律依据。此时员工可主张返还扣款。

3. 从劳动仲裁实践的角度

• 举证责任：公司需证明扣款依据（如规章制度、损失证明）及扣款金额的合理性。若无法提供，劳动仲裁委可能支持员工诉求。
• 典型案例：某公司因员工迟到5分钟扣200元，仲裁委认为扣款过高，判决公司返还150元。此类案例表明，仲裁委倾向于保护劳动者基本权益。

4. 给员工的建议

• 第一步：核查依据：要求公司出示规章制度及民主程序证明（如会议记录、公示照片）。
• 第二步：协商解决：与公司沟通，说明扣款可能违法，争取返还部分或全部扣款。
• 第三步：申请仲裁：若协商无果，可向当地劳动仲裁委申请仲裁，需准备劳动合同、工资条、扣款通知等证据。

5. 给公司的建议

• 完善制度：制定合法合理的考勤制度，明确扣款标准（如按分钟计费，而非固定金额）。
• 履行程序：确保规章制度经民主程序制定并公示，避免因程序瑕疵导致无效。
• 替代措施：考虑非经济处罚（如警告、调岗），减少劳动纠纷风险。

总结：公司扣款需同时满足“制度合法”“程序合规”“金额合理”三要件，否则可能面临败诉风险。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我会结合具体证据为您分析维权路径。