关于公司迟到两个小时如何扣钱的问题，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。以下是从不同角度的分析：
公司规章制度：
- 合法性前提：首先，公司的规章制度必须合法，即不得违反国家法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费支付等。若规章制度中关于迟到扣钱的条款违法，则该条款无效。
- 具体规定：若公司规章制度中明确规定了迟到两小时的扣钱标准，且该标准合法合理（如扣减当日部分工资，但不得超过一定比例，且不得低于最低工资标准），则公司可以按照该规定执行。
- 公示与告知：规章制度需经过民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。若未公示或告知，则该规章制度对员工不产生约束力。
劳动合同约定：
- 合同条款：劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的协议。若劳动合同中明确约定了迟到两小时的扣钱方式，且该约定合法合理，则公司可以按照合同约定执行。
- 变更与协商：若公司欲变更劳动合同中关于迟到扣钱的约定，需与员工协商一致，并签订书面变更协议。未经协商一致，公司不得单方面变更合同约定。
法律限制与原则：
- 最低工资标准：公司扣减员工工资时，不得使员工的工资低于当地最低工资标准。若扣减后工资低于最低工资标准，则公司需补足差额。
- 合理性原则：公司扣减员工工资应遵循合理性原则，即扣减的金额应与员工迟到的行为相适应，不得过度扣减或滥用扣减权。
具体计算公式（假设性）：
- 若公司规章制度或劳动合同中规定迟到两小时扣减当日工资的20%，且员工当日工资为X元，则扣减金额为：\(X \times 20\%\)。
- 但需注意，扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。若扣减后工资低于最低工资标准，则实际扣减金额应为：\(X - \text{最低工资标准}\)（即仅扣减至最低工资标准为止）。
建议与后果：
- 员工角度：若员工认为公司扣减工资的行为违法或不合理，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 公司角度：公司应制定合法合理的规章制度和劳动合同条款，并确保公示与告知员工；在扣减员工工资时，应遵循法律限制和合理性原则，避免引发劳动争议。
若您对公司迟到扣钱的具体规定或法律后果有进一步疑问，可以直接向我咨询。