员工不配合交接工作，公司是可以起诉的。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据与员工义务

根据《劳动合同法》规定，劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。员工不配合交接工作的行为，可能违反了合同约定与法定义务。如果这种行为给公司造成了损失，比如因未交接客户资料导致业务流失，或未移交重要项目文件使项目推进受阻等，公司有权要求其赔偿。

二、起诉条件与证据准备

公司起诉员工不配合交接工作，需要满足一定的法定条件：

1. 有明确被告：即不配合交接工作的员工。
2. 有具体诉讼请求和事实、理由：例如要求员工完成交接、赔偿因不交接造成的损失等。
3. 案件属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

在起诉前，公司要准备好相关证据，如劳动合同、工作交接清单、因员工未交接造成损失的证明等。这些证据将用于证明公司已尽合理告知义务，以及损失与员工不交接工作存在因果关系。

三、起诉流程与后续处理

1. 协商与仲裁：在起诉之前，公司可先与员工协商，要求其完成工作交接。若协商无果，可申请劳动仲裁。
2. 提起诉讼：对仲裁结果不服的，公司可以向法院提起诉讼。
3. 强制执行：若公司胜诉，而员工仍不履行交接义务，公司可申请强制执行。但公司也需依法支付员工应得的工资、经济补偿等，否则员工有权进行抗辩。

四、其他处理方式

虽然起诉是一种法律途径，但会耗费时间和精力。因此，公司也可先尝试通过内部规章制度处理，或与员工进行更深入的沟通协商，以寻求更和谐的解决方案。

五、特殊情况考虑

如果员工不配合交接工作是因为公司未依法支付其应得的工资和经济补偿，那么员工有权进行抗辩。在这种情况下，公司应首先解决工资和经济补偿问题，再要求员工进行交接。

综上所述，员工不配合交接工作，公司是有权起诉的。但在采取法律行动之前，公司应充分考虑各种因素，并尝试通过更和谐的途径解决问题。如果你有关于劳动纠纷的任何法律问题，都可以直接向我咨询。